一个用户友好的 Python 包，用于将 WikiPathways 数据库中的路径处理为机器可读的网络表示。
项目描述
维基网络
WikiNetworks 是一个用户友好的 Python 包，用于将 WikiPathways 数据库中的路径处理为机器可读的网络表示。
概括
摘要：WikiPathways 是使用绘图软件 PathVisio 创建的跨越 31 个物种的 2979 条生物通路的数据库。由于管理风格和图纸的差异，这些路径不能直接用于基于网络的拓扑分析。我们开发了 WikiNetworks 包来标准化和从这些路径表示构建定向网络。WikiNetworks 软件通过结合几何信息和手绘路径中的手动注释，从这些路径中重建网络。WikiNetworks 的性能明显优于现有工具。这使得能够使用高质量的 WikiPathways 资源对高吞吐量数据进行基于网络的拓扑分析。
可用性和实施：
WikiNetworks 完全用 Python 编写，可在 github.com/Thakar-Lab 和 pip 上找到。经测试可在 Windows 和 Linux 环境中与 Python 3.7 一起使用。
接触：
Juilee_Thakar@URMC.Rochester.edu；Mukta_Palshikar@URMC.Rochester.edu
错误跟踪器：
https://github.com/Thakar-Lab/WikiNetworks/issues
教程：
https://github.com/Thakar-Lab/WikiNetworks/tree/main/Tutorials
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源分布
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内置分布
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| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
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