pyedr 0.7.0

皮德尔

Pyedr 提供了一种读取Gromacs EDR二进制 XDR 文件并将其内容作为numpy数组字典返回的方法。Pyedr 公开了以下函数：

• edr_to_dict：返回一个由能量类型键控的 NumPy 数组字典，从给定路径到 EDR 文件。

• read_edr：解析 EDR 文件并返回嵌套列表中的能量项

• get_unit_dictionary：返回一个字典，其中包含在 EDR 文件中找到的每个能量项的单位。

潘德

Panedr 使用 Pyedr 库读取Gromacs EDR二进制能量 XDR 文件，并将其内容作为pandas数据帧返回。Panedr 公开了以下功能：

• edr_to_df：获取 EDR 文件的路径并返回 pandas DataFrame。

• get_unit_dictionary：返回一个字典，其中包含在 EDR 文件中找到的每个能量项的单位。

例子

使用pyedr：

import pyedr

# Read the EDR file
path = 'ener.edr'
dic = pyedr.edr_to_dict(path)

# The `verbose` optional parameter can be set to True to display the
# progress on stderr
dic = pyedr.edr_to_dict(path, verbose=True)

# Get the average pressure after the first 10 ns
pressure_avg = dic['Pressure'][dic['Time'] > 10000].mean()

# Get the units of the EDR entries
unit_dict = pyedr.get_unit_dictionary(path)
unit_dict["Temperature"]  # returns "K"

使用panedr：

import panedr

# Read the EDR file
path = 'ener.edr'
df = panedr.edr_to_df(path)

# The `verbose` optional parameter can be set to True to display the
# progress on stderr
df = panedr.edr_to_df(path, verbose=True)

# Get the average pressure after the first 10 ns
pressure_avg = df['Pressure'][df['Time'] > 10000].mean()

# Get the units of the EDR entries
unit_dict = panedr.get_unit_dictionary(path)
unit_dict["Temperature"]  # returns "K"

安装

您可以使用pip安装pyedr和panedr：

pip install pyedr

# installing panedr automatically installs pyedr
pip install panedr

如果您使用conda和conda-forge，您可以安装：

conda install -c conda-forge pyedr

# install panedr automatically installs pyedr
conda install -c conda-forge panedr

测试

pyedr和panedr存储库包含一系列测试。如果您从存储库下载或克隆了代码，则可以运行测试。为此，请安装pytest，然后在 panedr 源代码的目录中运行：

对于pyedr：

pytest -v pyedr/pyedr/tests

对于panedr：

pytest -v panedr/panedr/tests

执照

Pyedr 和 Panedr 将 Gromacs 的部分源代码翻译成 Python。因此，Panedr 在与 Gromacs 相同的 GNU Lesser General Public License 2.1 版下分发。有关更多详细信息，请参阅许可证。