nuset-lib

NuSeT 打包为一个具有易于使用的 API 的库

nuset-lib基于 Linfeng Yang 的 NuSeT 包：https ://github.com/yanglf1121/NuSeT

他们的论文： https ://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.1008193

如果您使用，请引用他们的论文nuset-lib

训练尚未实施，但可用于预测。

安装

nuset-lib可以通过安装pip。

pip install nuset-lib

安装后

首次导入时将下载约 1GB 的网络权重nuset。默认情况下，这些网络权重文件保存在您的用户主目录中。如果您不希望将这些文件存储在您的主目录中（例如共享计算系统、有限的用户配额等），您可以通过设置以下环境变量来指定不同的位置：

export NUSET_CONFIG=/path/to/dir

在 RTX 2000 系列卡上，由于 tensorflow 中的错误，您需要设置以下环境变量：

export TF_FORCE_GPU_ALLOW_GROWTH=true

基本用法

from nuset import Nuset
import numpy as np
from matplotlib import pyplot as plt
import tifffile

img = tifffile.imread('path to file')

nuset = Nuset()

mask = nuset.predict(
    image=img,
    watershed=True,
    min_score=0.8,
    nms_threshold=0.1,
    rescale_ratio=2.5
)

thr = 0.7

mask[mask < thr] = 0
mask[mask > thr] = 1

fig = plt.figure(figsize=(15, 15))

plt.imshow(img, cmap='viridis')
plt.imshow(mask, alpha=0.5)
plt.show()

您可能会受益于预处理图像以调整伽玛、均衡直方图等。

有关更多详细信息，请参阅示例笔记本：https ://github.com/kushalkolar/nuset-lib/blob/master/example.ipynb