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• 介绍

  • 元MS
  • 版本
  • 数据输入
  • 数据输出
  • 数据结构
  • 特征
  • 代码文档

• 安装

  • 派皮

• 执行：

  • 命令行界面
  • MiniWDL
  • 码头集装箱

元MS

MetaMS是用于代谢组学数据处理和注释的工作流程

当前版本

2.1.3

数据输入格式

• 用于 GC-MS 的 ANDI NetCDF (.cdf)
• CoreMS 自包含分层数据格式 (.hdf5)
• 安捷伦化学工作站（进行中）

数据输出格式

• Pandas 数据框（可以使用 pickle、h5 等保存）
• 文本文件（.csv、制表符分隔的 .txt 等）
• 微软 Excel (xlsx)
• 工作流元数据的 JSON
• 自包含分层数据格式 (.hdf5)，包括处理数据集的原始数据和 ime-series 数据点，所有相关元数据都存储为 json 属性

数据结构类型

• 气相色谱-质谱

可用功能

信号处理

• 基线检测、减法、平滑
• 基于 m/z 的色谱峰解卷积，
• 手动和自动噪声阈值计算
• 一阶和二阶导数峰值选取方法
• 峰面积计算

校准

• 保留指数线性 XXX 方法

化合物鉴定

• 自动本地（SQLite）或外部（MongoDB 或 PostgreSQL）数据库检查、生成和搜索
• 具有所有光谱相似性方法的自动分子匹配算法

MetaMS 安装

• 皮皮：

pip3 install metams

• 从来源：

pip3 install --editable .

为了能够打开 chemstation 文件，需要安装 pythonnet：

• 视窗：

  pip3 install pythonnet
  

• Mac 和 Linux：

  brew install mono
  pip3 install pythonnet   
  

执行

metaMS dump_json_template MetamsFile.json

metaMS dump_corems_json_template CoremsFile.json

根据您的数据集和工作流参数修改 MetamsFile.json 和 CoremsFile.json 确保在 MetamsFile.json 中包含 CoremsFile.json 路径：“corems_json_path”：“path_to_CoremsFile.json”

metaMS run-gcms-workflow path_to_MetamsFile.json

MiniWDL

• 更改 wdl/metams_input.json 以指定数据位置

• 更改 data/CoremsFile.json 以指定工作流参数

安装 miniWDL：

pip3 install miniwdl

称呼：

miniwdl run wdl/metaMS.wdl -i wdl/metams_input.json --verbose --no-cache --copy-input-files

MetaMS Docker 容器

包含 MetaMS 命令行作为入口点的 docker 映像

如果你没有安装 docker，最简单的方法是安装 docker for desktop

• 从 Docker Registry 中拉取：

  docker pull corilo/metams:latest
  

• 或从源构建图像：

  docker build -t metams:latest .
  

• 从容器运行工作流：

  $(data_dir) = 包含 gcms 数据、MetamsFile.json 和 CoremsFile.json 的目录的完整路径

  docker run -v $(data_dir):/metaB/data corilo/metams:latest metaMS run-gcms-workflow /metaB/data/MetamsFile.json
  

• 获取参数模板：

  docker run -v $(data_dir):/metaB/data corilo/metams:latest metaMS dump_json_template /metaB/data/MetamsFile.json
  

  docker run -v $(data_dir):/metaB/data corilo/metams:latest metaMS dump_corems_json_template /metaB/data/CoremsFile.json
  

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