用于嵌入 iCn3D 查看器的 IPython 接口
项目描述
icn3dpy
icn3dpy 是一个简单的IPython/Jupyter小部件，用于在笔记本中嵌入交互式iCn3D查看器。它的源代码位于PyPI，也包含在iCn3D GitHub 上。
Jupyter Notebook 中 icn3dpy 的 3D 视图是交互式的，就像在任何浏览器中一样。弹出窗口将出现在 3D 视图下。如果您有预定义的自定义视图，则可以使用 icn3dpy 中的预定义命令，如下所示。
如果您遇到问题，请提出问题。
安装
安装icn3dpy：
pip install icn3dpy
如果节点不可用，则安装节点。Mac 中的一种方法是使用“brew”：
brew update
brew install node
安装 Jupyter Lab 和扩展“jupyterlab_3dmol”：
pip install jupyterlab
jupyter labextension install jupyterlab_3dmol
or jupyterhub labextension install jupyterlab_3dmol
用法
打开笔记本：
jupyter notebook
并发出 Python 脚本如下：
import icn3dpy
“mmdbid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='mmdbid=6hjr')
view
您还可以尝试除“mmdbid”之外的其他输入。“pdbid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='pdbid=2bbv')
view
“mmtfid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='mmtfid=6vxx')
view
“cid”作为输入：
view = icn3dpy.view(q='cid=2244')
view
使用预定义的命令（参见iCn3D Gallery中的命令以供参考）：
view = icn3dpy.view(q='mmdbid=6m0j',command='scatterplot interaction pairs | !A !E | hbonds,salt bridge,interactions,halogen,pi-cation,pi-stacking | false | threshold 3.8 6 4 3.8 6 6; show selection; add residue number labels')
view
命令
您可以使用 iCn3D 交互界面生成自定义视图，然后单击“文件 > 共享链接”以获取“原始 URL”中的命令。所有 iCn3D 命令都在这里列出。
执照
美国政府工作
