快速ANI

该软件包的开发目的是为 FastANI工具提供 Python 接口。

安装

注意：您必须自己安装 FastANI 二进制文件才能使该软件包正常工作。

此包仅具有标准依赖项，适用于 Python 版本 >=3.6。

pip install fastani

基本用法

注意：除矩阵和可视化方法外的所有功能均已实现。

要使用此包，只需调用该fastani方法，除 query和参数外的所有参数reference都是可选的，在这种情况下使用 FastANI 默认值。

queryandreference参数可以是字符串，也可以是指向 fasta 文件的字符串集合。

from fastani import fastani

result = fastani(query='query.fna', reference='reference.fna')
dict_results = result.as_dict()

# Accessing results
print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].ani)         # 89.1234
print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].n_frag)      # 50
print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].total_frag)  # 100
print(dict_results['query.fna']['reference.fna'].align_frac)  # 0.5

# Writing results to disk
result.to_file('results.txt')

可以通过传递以下参数来覆盖 FastANI 默认参数：

• exe：FastANI 二进制文件的路径。
• k: 要使用的 kmer 大小。
• cpus: 要使用的 CPU 数量。
• frag_len：要使用的片段长度。
• min_frac：共享基因组的最小比例。
• min_frag：对齐片段的最小数量(version < 1.3)。

高级用法

有两个额外的参数可以提供给该fastani方法：

• single_execution：如果设置为True（默认），FastANI 将使用查询和参考列表参数。如果设置为False，则将单独分析每个基因组。
• bidirectional：如果设置为False（默认），FastANI 将只执行query -> reference比较。如果设置为True，则reference -> query还将执行比较。