A 特征检测 LC-MS1 谱图。
项目描述
biosaur2 - 特征检测 LC-MS1 光谱。该项目是 Biosaur 软件的重写版本 ( https://github.com/abdrakhimov1/Biosaur )。
脚本需要质心 mzML 文件。
可以使用以下命令运行算法：
biosaur2 path_to_MZML
脚本输出包含具有肽特征的 tsv 表。
所有可用的参数都可以使用命令“biosaur2 -h”显示。
默认参数 minlh（肽特征连续扫描的最小次数）为 1，该值对于超短 LC 梯度（几分钟）是最佳值。对于较长的 LC 梯度，可以增加该值以减少特征检测时间并去除噪声同位素簇。
对于 TOF 数据，请添加“-tof”参数。
对于 PASEF 数据，请使用 msconvert 和 '--combineIonMobilitySpectra --filter "msLevel 1" ' 选项转换 mzML 文件。不要使用选项--filter "scanSumming"！后者通常是 MS/MS 数据分析所必需的，但会破坏 MS1 特征检测。
对于负模式数据，请添加“-nm”参数。
引用 biosaur2
阿卜杜拉希莫夫等人。Biosaur：用于液相色谱-质谱肽特征检测的开源 Python 软件，支持离子淌度。https://doi.org/10.1002/rcm.9045
安装
使用点子：
pip install biosaur2
链接
- GitHub 存储库和问题跟踪器：https ://github.com/markmipt/biosaur2
- 邮件列表：markmipt@gmail.com
下载文件
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源分布
biosaur2-0.2.3.tar.gz
（148.9 kB
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内置发行版
biosaur2-0.2.3-cp310-cp310-win_amd64.whl
（120.2 kB
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biosaur2-0.2.3-cp39-cp39-win_amd64.whl
（120.2 kB
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biosaur2-0.2.3-cp38-cp38-win_amd64.whl
（121.5 kB
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关
biosaur2-0.2.3.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 5e5bd6bb6cc24107b45a02e214dea0311c393453daaaaa404fa8906140fbfe79 |
|
| MD5 | 9b7fc8546a90992e3490ad14d42498c3 |
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| 布莱克2-256 | e0d34e6670e4d523705152e000ec59cade7e1bbea83e3ebf504a2cd4909acd62 |
关
biosaur2-0.2.3 -cp310-cp310-win_amd64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 53ddd5ce142008e3a066e815898c248e7ec87fa02f7e8fedbb09325a148bb3ff |
|
| MD5 | 230726eb3fbb12a190a3dddc7f8b85e2 |
|
| 布莱克2-256 | dd3bfdbcd09ea6be35687111ca057824846d1bececdcbaf9b1194b32dfa86334 |
关
biosaur2-0.2.3 -cp310-cp310-musllinux_1_1_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 8784cc55305515ef55f66b6c4a80e267488f9cf383eb78d82828c6de412dc5e4 |
|
| MD5 | 1fa1d011e10446da536ff3826ddc1fce |
|
| 布莱克2-256 | eee4964be7cd82c921b9c36846ef452b0cb3dbc0ae793d71596c26a4aa14e304 |
关
biosaur2-0.2.3 -cp310-cp310-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 033026f3e0eea5c05cc640db944266d78154b148d8f3c3021a321895c85c5c26 |
|
| MD5 | d2e4359bee333a45859141bb9b65bdbc |
|
| 布莱克2-256 | 0af4bf53b31a6d1f7b547a8e066a06a31fd337d9ffe10e2b58e4ecb0cb42994c |
关
biosaur2-0.2.3 -cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | d489aec1f96338fc4e9ff1a682b4ad4d1466dc2579758c0d16250068594d02ea |
|
| MD5 | 8e9b13b2958b7f3cfbf56a41f3bf7b7a |
|
| 布莱克2-256 | 37b4a71b18f5922a579831cd7b5031d7403f12d1816317133850bf98aa5eccf9 |
关
biosaur2-0.2.3 -cp39-cp39-musllinux_1_1_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 238f92dbf53e778384ff8ece17e39190745e3e77738dcc75a9633c4047fad188 |
|
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|
| 布莱克2-256 | 01e71ff67d882a34f3495633b0c58b29b9f5d53ac2e64977195d4a85ed580b8b |
关
biosaur2-0.2.3 -cp39-cp39-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 7508b1a5b5675e7ed4aa9e084815a7d29861a438157e98b184927ecf9e37bde2 |
|
| MD5 | ef985cc5b1819eedde332ca9f938cbdd |
|
| 布莱克2-256 | 24dedee52cfbda422f7b223543485d47832f04156c51ac61c3f3504e8602d86d |
关
biosaur2-0.2.3 -cp38-cp38-win_amd64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | ee3d434f1fea82bee6b513353dd3e10954c9233640782b0f8af63c5c4276559c |
|
| MD5 | 445f3507e2b01478665ac2e575d0b15f |
|
| 布莱克2-256 | f81d12432482ab1c237716bee5ad3274ab99aad963da8d2011d2931565b47cb1 |
关
biosaur2-0.2.3 -cp38-cp38-musllinux_1_1_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 80a96f2972f96f540f9a5cb11ee91729fd102bb80df954672948122e3014138a |
|
| MD5 | 41a4df23a7a1d384505e652062ed0900 |
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| 布莱克2-256 | 583b704e3b0b3664baba879b9e3f87a995886dc9414edfe9236c4744215626d4 |
关
biosaur2-0.2.3 -cp38-cp38-manylinux_2_17_x86_64.manylinux2014_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 17e1eb96b3e2fe51e7afeb48287c9225ad14798244c179aa81ec6222a857a926 |
|
| MD5 | 927a6c4b22bcb041d023399bd67e533f |
|
| 布莱克2-256 | e807fdd9afd9d532f62d2377e6b8c3783ff0f1012ea0301e241e2c355922a093 |