巴德隆

安装

Bablon 可以安装pip：

pip install badlon

现在您可以从任何目录运行工具作为badlon.

用法

模块

Badlon 包含多个处理数据的模块。可以使用帮助命令列出它们：

$ badlon --help
usage: badlon [-h] {prepare,analysis,match} ...

Tool for block based analysis of bacterial populations. Choose one of available modules.

positional arguments:
  {prepare,analysis,match}
    prepare             Prepare draft dataset for SibeliaZ.
    analysis            Analyze pan-genome and other block-based features based on synteny blocks.
    match               Performs matching of block and genes based on coordinates.

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit

第 1 步：使用管道准备数据PanACoTA

如果您在某个名为（基因组的一个文件）的文件夹中有基因组，我们建议使用pipelinesome_folder准备数据。PanACoTA

为此，您可以使用以下命令：

1.1 使用模块准备数据和表格PanACoTA prepare：

PanACoTA prepare --norefseq --min 0 --max 1 -o 1-prepare -d some_folder --cutn 125

• --min 0 --max 1用于保存所有基因组，参数可以根据任务以及所有其他参数进行更改；
• 要检查其他参数，请访问PanACoTA prepare文档。

1.2 使用PanACoTA annotate模块注释基因组：

PanACoTA annotate --info 1-prepare/L* -r 2-annotate -n ESCO --threads 16

• -n ESCO您可以根据您的物种更改标签（ESCO 适用于大肠杆菌）；
• 有关检查参数，请访问PanACoTA prepare文档。

1.3 使用PanACoTA pangenome模块调用直系基因：

PanACoTA pangenome -l 2-annotate/LSTINFO-* -n ESCO -d 2-annotate/Proteins/ -o 3-pangenome

• 您可以更改-i要在同一集群中考虑的最小序列标识（在 0 和 1 之间浮动）。默认值为 0.8。
• 有关检查参数，请访问PanACoTA prepare文档。

第2步：prepare模块badlon

准备模块用于准备使用 SibeliaZ 包的数据，保留所有必要的信息：基因组标签和染色体编号。

可以使用帮助选项检查参数：

$ badlon prepare --help
usage: badlon prepare [-h] --folder FOLDER [--contigs CONTIGS]
                      [--output OUTPUT]
                      [--annotate_subfolder ANNOTATE_SUBFOLDER]
                      [--min_len MIN_LEN]

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --contigs CONTIGS, -c CONTIGS
                        Number of maximum contigs to take from every genome.
                        By default, keeps all.
  --output OUTPUT, -o OUTPUT
                        Output file path.
  --annotate_subfolder ANNOTATE_SUBFOLDER, -a ANNOTATE_SUBFOLDER
                        Subfolder of PanACoTA contains results of annotate
                        module. Used for finding LSTINFO file. Default is
                        '2-annotate'.
  --min_len MIN_LEN, -l MIN_LEN
                        Minimum contig length, less then that value will be
                        filtered. Default is 1000.

Required arguments:
  --folder FOLDER, -f FOLDER
                        Folder with PanACoTA output. Will be used to search
                        genome files based on LSTINFO file from annotate
                        module.

示例命令：

badlon prepare -f 2-annotate -o for_sibeliaz.fna

步骤 2. 使用SibeliaZ获取块

2.1 使用基于badlon prepare输出的推荐命令运行 SibeliaZ。

例子： sibeliaz -k 15 -a 100 -n -t 32 -o sibeliaz_out for_sibeliaz.fna

• 注意-a它需要相等number_of_genome * 20，badlon prepare自动计算。

2.2 从对齐中获取块

badlon prepare从模块输出中检查推荐的命令。通常是（块最小大小 3000）：

cd sibeliaz_out
echo $'30 150\n100 500\n500 1500' > fine.txt
maf2synteny -s fine.txt -b 3000 blocks_coords.gff

步骤 3. 使用模块计算基于块的统计信息和图表badlon analysis：

可以使用帮助选项检查参数：

$ badlon analysis --help
usage: badlon analysis [-h] --blocks_file BLOCKS_FILE --type {chr,contig}
                       [--output OUTPUT]

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --output OUTPUT, -o OUTPUT
                        Path to output folder. Default: blockomics_output.

Required arguments:
  --blocks_file BLOCKS_FILE, -b BLOCKS_FILE
                        Blocks resulted as output of original Sibelia or
                        maf2synteny tool. Usually it's
                        sibeliaz_out/3000/block_coords.txt file.
  --type {chr,contig}, -t {chr,contig}
                        Type of genome assembly, either 'chr' or 'contig'

示例命令：

cd ..
badlon analysis -b sibeliaz_out/3000/blocks_coords.txt

第 4 步（可选）：将块和基因注释与 badlon match模块匹配

可以使用帮助选项检查参数：

$ badlon match --help
usage: badlon match [-h] --blocks_file BLOCKS_FILE --annotated_folder
                    ANNOTATED_FOLDER --pangenome_file PANGENOME_FILE --type
                    {chr,contig} [--output OUTPUT]

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  --output OUTPUT, -o OUTPUT
                        Path to output folder. Default: blockomics_output.

Required arguments:
  --blocks_file BLOCKS_FILE, -b BLOCKS_FILE
                        Blocks folder resulted as output of original Sibelia
                        or maf2synteny tool. Usually it's `sibeliaz_out/3000/`
                        folder.
  --annotated_folder ANNOTATED_FOLDER, -a ANNOTATED_FOLDER
                        LSTINFO folder path, output of `annotate` step of
                        PanACoTA.
  --pangenome_file PANGENOME_FILE, -pg PANGENOME_FILE
                        File .lst with orthologous genes, output of
                        `pangenome` step of PanACoTA.
  --type {chr,contig}, -t {chr,contig}
                        Type of genome assembly, either 'chr' or 'contig'

示例命令：

badlon match -b sibeliaz_out/3000/blocks_coords.txt -a 2-annotate/ -pg 3-pangenome/*.lst -t contig