爱达水晶17

用于运行CRYSTAL17代码的 AiiDA 插件。该代码主要针对 CRYSTAL17 进行了测试，但输出解析也针对 CRYSTAL14 进行了测试。

文档：https ://readthedocs.org/projects/aiida-crystal17

安装

从 Conda 安装（推荐）：

>> conda install -c conda-forge aiida-crystal17 aiida-core.services

从 pypi 安装::

>> pip install aiida-crystal17

要安装开发版本：

>> git clone https://github.com/aiidaplugins/aiida-crystal17 .
>> cd aiida-crystal17
>> pip install -e .  # also installs aiida, if missing (but not postgres)
>> #pip install -e .[pre-commit,testing] # install extras for more features
>> verdi quicksetup  # set up a new profile
>> verdi calculation plugins  # should now show the calclulation plugins (with prefix crystal17.)

发展

针对模拟 CRYSTAL17 可执行文件进行测试

由于 CRYSTAL17 是许可软件，因此无法在 Travis CI 上获取可执行文件的副本。mock_runcry17因此，已创建一个模拟可执行文件 ( ) 用于测试目的（这也加快了测试运行）。

此可执行文件计算提供的输入文件的 md5 哈希，并尝试将其与预先计算的哈希字典进行匹配。如果找到，可执行文件会将匹配的输出（来自test/output_files）写入标准输出。

以下将发现并运行所有单元测试：

>> pip install -e .[testing]
>> reentry scan -r aiida
>> pytest -v

省略调用外部可执行文件的测试（如crystal17）：

>> pytest --cry17-skip-exec

要调用实际的可执行文件（例如crystal17，而不是mock_crystal17）：

>> pytest --cry17-no-mock

要将 calcjob 执行的结果输出到特定目录：

>> pytest --cry17-workdir "test_workdir"

编码风格要求

代码风格使用flake8进行测试，配置设置在 中.flake8，代码格式应使用yapf（配置设置在 中.style.yapf）。

安装 withaiida-crystal17[code_style]使pre-commit 包可用，这将通过在提交提交之前重新格式化代码和测试 lint 错误来确保通过这些测试。它可以通过以下方式设置：

>> cd aiida-crystal17
>> pre-commit install

yapf或者，您可以flake8单独运行：

>> yapf -r -i .  # recrusively find and format files in-place
>> flake8

像 VS Code 这样的编辑器也有自动代码重新格式化实用程序，可以遵守这个标准。

在本地设置 CRYSTAL17

要在 Mac 上设置 CRYSTAL17 的本地版本（从经销商处下载副本后），我必须：

1. 从可执行权限中删除隔离区：

   xattr -c crystal
   xattr -c properties
   

2. 在预期的文件夹中创建 lapack/blas 库的版本：

   sudo port install lapack
   sudo cp /opt/local/lib/lapack/liblapack.3.dylib /usr/local/opt/lapack/lib/liblapack.3.dylib
   sudo cp /opt/local/lib/lapack/libblas.3.dylib /usr/local/opt/lapack/lib/libblas.3.dylib
   

3. 中定义环境变量~/.bashrc，详见cry17_scripts/cry17.bashrc

4. cry17_scripts/runcry17将脚本复制或符号链接到/usr/local/bin/

执照

见LICENSE文件

接触

chrisj_sewell@hotmail.com