在 PubMed、Crossref、ORCID 和 Google Scholar 上查找给定作者或参考文献的出版物。
项目描述
Academic Tracker 的创建是为了自动化确保联邦资助的出版物在 PubMed 上列出并引用它们的赠款资金来源的过程。
Academic Tracker 是一个命令行工具,用于搜索 PubMed、ORCID、Google Scholar 和 Crossref 中的出版物。该程序可以得到一个作者列表以查找出版物,或者对出版物本身的引用/引用。然后,该程序将查找上述来源的出版物,并返回可从这些来源获得的相关信息。
主要用例是为程序提供一个作者列表以查找其出版物。然后可以从该出版物列表中确定哪些出版物需要采取进一步行动才能合规。
查找作者出版物的第二个用例是创建与他们合作过的合作者的报告,可以通过在配置文件中指定该报告的创建来完成。有关报告的详细信息在文档中。
另一个主要用例是为程序提供出版物参考列表以查找信息。
链接
安装
Academic Tracker 包在 Python 3.7+ 下运行。使用pip安装。从 Python 3.4 开始,默认包含pip 。请务必使用最新版本的 pip,因为已知旧版本在获取所有依赖项时存在问题。Academic Tracker 依靠 sendmail 发送电子邮件,因此如果您需要使用该功能,请确保已安装 sendmail 并在 PATH 中。
在 Linux、Mac OS X 上安装
python3 -m pip install academic_tracker
在 Windows 上安装
py -3 -m pip install academic_tracker
在 Linux、Mac OS X 上升级
python3 -m pip install academic_tracker --upgrade
在 Windows 上升级
py -3 -m pip install academic_tracker --upgrade
快速开始
Academic Tracker 有几个命令和选项。最简单最常见的用例很简单:
academic_tracker author_search config_file.json
创建配置 JSON
运行 Academic Tracker 需要配置 JSON 文件,但第一次创建它可能很麻烦。不幸的是,没有简单的解决方案。鼓励阅读jsonschema中的配置 JSON 部分, 并使用那里的示例来最初创建它。如果您已经有一个包含作者信息的 csv 文件,那么 add_authors 命令可以帮助构建“作者”部分。帮助追踪讨厌的 JSON 语法错误的好工具在这里。
注册 ORCID
为了让这个程序搜索 ORCID,您必须向 ORCID 注册并获得密钥和秘密。有关如何执行此操作的详细信息,请参见此处。如果您不想这样做,则可以使用 –no_ORCID 选项跳过搜索 ORCID。
Mac 操作系统注意事项
当您尝试在 Mac OS 上运行该程序时,您可能会收到 SSL 错误。
证书验证失败:无法获取本地颁发者证书
这是由于 Mac OS 和 Python 的变化。要修复它,请转到 Applications 中的 Python 文件夹,然后在 /Applications/Python 3.x 文件夹中运行 Install Certificates.command shell 命令。这应该可以解决问题。
电子邮件发送说明
Academic Tracker 使用 sendmail 发送电子邮件,因此要使用它的任何系统都需要安装 sendmail 和 PATH 中的路径。如果您尝试在没有此内容的情况下发送电子邮件,程序将显示警告。不过,这可以通过使用 –test 选项来避免。–test 选项阻止电子邮件发送。通过在配置 JSON 文件的报告部分中保留 from_email 属性,也可以避免电子邮件发送。
出版物如何匹配
按出版物搜索时,必须确认给定参考文献中的出版物与查询中返回的出版物相匹配。这是通过匹配 DOI、PMID 或标题和至少一位作者来完成的。使用fuzzywuzzy 模糊匹配标题,这就是为什么至少还必须匹配一位作者的原因。使用姓氏和至少一个单位来匹配作者。
执照
这个包是在 BSD许可下分发的。