从 MD 轨迹计算蛋白质中的残留间电流
项目描述
CURP允许计算蛋白质中能量或热和原子应力张量的残余流动，给定通过分子动力学 (MD) 获得的原子坐标和速度轨迹。能量流数据允许将残留物间能量交换网络描绘为图形。
在生理条件下的热波动蛋白质分子中，紧密排列的氨基酸残基通过热量和能量交换相互作用。用基于每个残基对之间的“局部热导率”的理论模型来说明和表征蛋白质中热流的不均匀模式。该模型展示了 PDZ 域[ 1 ]中的“隐藏动态变构”和 FixL [ 2 ]氧传感器域中的变构转变的特征。
官方网站和教程可以在https://curp.jp/找到。
安装
CURP 需要 Python2.7 和 numpy 才能工作。Python3 兼容性尚未实现。你可以在这里安装python ，或者在那里安装anaconda 。
要安装curp，运行
pip install Curp
或者你最喜欢的 python 包管理器，比如conda或pipenv。您可以通过运行获取 curp 源代码
git clone https://github.com/yamatolab/current-calculations-for-proteins.git
然后，进入安装目录并使用
pip install .
发展
新分支只能从开发分支创建，修补程序除外。相同的规则适用于合并。然后将开发分支合并到主分支，请参阅成功的 Git 分支模型。
提交消息应遵循以下规则：
用空行将主体与主体分开
将主题行限制为 50 个字符
将主题行大写
不要以句点结束主题行
在主题行中使用祈使语气
将正文包裹在 72 个字符处
用正文来解释什么和为什么与如何
例如：
Derezz the master control program MCP turned out to be evil and had become intent on world domination. This commit throws Tron's disc into MCP (causing its deresolution) and turns it back into a chess game.
这些规则、示例和更多解释可以在Chris Beams的 How to Write a Git Commit Message文章中找到。
新的类和函数应该总是用文档字符串来编写。文档字符串遵循 numpydoc 的规则，如numpydoc docstring guide中所述。
测试单元使用鼻子，尽管测试尚未正确配置。
