AMAS（自动模型注释系统）
项目描述
AMAS：自动模型注释系统
AMAS（自动模型注释系统）预测和推荐系统生物学模型的注释。当前版本侧重于 SBML 格式的模型的种类和反应，可以使用 BioModels 或 BiGG 模型进行测试。
概述
AMAS是为 SBML 模型元素预测和推荐注释的方法的集合。当前版本侧重于预测代谢模型的物种和反应注释，例如可以在 BiGG 和 BioModels 存储库中找到的。算法使用 CHEBI 进行物种注释，使用 Rhea 进行反应注释。
例子
首先，应该使用AMAS.recommender.Recommender现有的 SBML 文件（可选）创建类实例。
接下来，为了获得物种的推荐，用户可以使用该.getSpeciesAnnotation方法。
使用pred_id参数时，Recommender 将搜索模型以查找可用的显示名称进行预测。或者，用户可以使用pred_str参数进行直接预测，这不需要在构造函数中预加载模型。下面，'S-adenosyl-L-methionine' 是模型文件中物种 'SAM' 的显示名称，所以结果是一样的。
结果是一个命名元组 'Recommendation'，其属性包括 id、可信度、推荐的 CHEBI 术语以及这些术语的 url。
类似地，也可以使用该.getReactionAnnotation方法获得反应的推荐。
反应推荐使用 Rhea 数据库。
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源分布
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内置分布
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