GA4GH 工作流执行服务参考实现
项目描述
工作流即服务
这为通用工作流语言提供了GA4GH 工作流执行服务API 的客户端和服务器实现。
它提供了一个Arvados 后端。它也适用于任何支持 CWL 标准命令行界面的 cwl-runner ：http: //www.commonwl.org/v1.0/CommandLineTool.html#Executing_CWL_documents_as_scripts
安装：
pip install wes-service
使用默认cwl-runner后端运行独立服务器：
$ wes-server
提交要运行的工作流：
$ wes-client --host=localhost:8080 myworkflow.cwl myjob.json
列出工作流程：
$ wes-client --list
获取工作流状态：
$ wes-client --get <workflow-id>
从工作流中获取标准错误日志：
$ wes-client --log <workflow-id>
服务器选项
使用 Arvados 后端运行独立服务器：
$ wes-server --backend=wes_service.arvados_wes
将不同的可执行文件与 cwl_runner 后端一起使用
$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt runner=cwltoil
将参数传递给 cwl-runner
$ wes-server --backend=wes_service.cwl_runner --opt extra=--workDir=/
客户端环境选项
设置服务端点：
$ export WES_API_HOST=localhost:8080
设置要在Authorization标头中传递的值：
$ export WES_API_AUTH=my_api_token
设置协议（http、https之一）
$ export WES_API_PROTO=http
下载文件
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源分布
wes-service-4.0.tar.gz
(26.8 kB
查看哈希)
内置分布
wes_service-4.0-py3-none-any.whl
（29.1 kB
查看哈希）
关
wes_service -4.0-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 0eaf47a0d210130127a262c6e19acae0177fe781d572099f3214298672b26990 |
|
| MD5 | bdd3f5cedab0d93c9e8f329306532b95 |
|
| 布莱克2-256 | 5aa679cade71964037816bfd957fdfb77d2090a56769fad8acc325af940d4c83 |