ViennaRNA 包由一个 C 代码库和几个用于预测和比较 RNA 二级结构的独立程序组成。
项目描述
维也纳RNA
该ViennaRNA软件包由一个C代码库和几个用于预测和比较 RNA 二级结构的独立程序组成。它由维也纳大学的理论生物化学小组开发和维护。
如果您在出版物中使用ViennaRNA软件，您可能需要引用：
Lorenz, Ronny and Bernhart, Stephan H. and Höner zu Siederdissen, Christian and Tafer, Hakim and Flamm, Christoph and Stadler, Peter F. and Hofacker, Ivo L.
ViennaRNA Package 2.0
Algorithms for Molecular Biology, 6:1 26, 2011, doi:10.1186/1748-7188-6-26
RNAlibAPI 文档
API 文档可以在https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/ViennaRNA/doc/html/index.html找到
ViennaRNAPyPI 安装
生活终于简单了，可能性无穷无尽。
只需打开您最喜欢的外壳。
$ pip install ViennaRNA
坐下来，放松，pip做它的事。当一切都安装好后，像这样验证。
$ python
Python 3.9.5 (default, Jun 4 2022, 12:28:51)
[GCC 7.5.0] :: Anaconda, Inc. on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import ViennaRNA
>>> dir(ViennaRNA)
['RNA', 'RNAlib', 'ViennaRNA', '__author__', '__builtins__', '__cached__', '__doc__', '__file__', '__license__', '__loader__', '__name__', '__package__', '__path__', '__spec__', '__version__', 'main', 'rna', 'rnalib', 'viennarna']
注意对象
RNA、RNAlib、ViennaRNA、rna、rnalib和viennarna都指的是同一个RNASWIG 模块，如果您从源代码安装了 ViennaRNA python 接口，您将获得该模块。然后这些语句from ViennaRNA import RNA等价于from ViennaRNA import rnalib。
ViennaRNA从 PyPI使用
PyPI 安装程序的开发是为了让计算合成生物学家可以将其指定ViennaRNA为python应用程序的要求（通过install_requires他们的setup.py），而无需用户单独下载和安装。因为这是 21 世纪，依赖安装不应该阻止应用程序的采用。一旦安装，您就可以无缝import RNA，成功。此安装程序存在的另一个原因是因为conda软件包ViennaRNA已损坏，并且有一段时间没有修复。此安装程序也适用于conda。
相关的 DNA 或 RNA 参数文件需要与已开发的应用程序一起打包并提供以RNA.read_parameter_file(parameter_file_path)供正确使用。然后，您可能希望将这些参数文件指定为您package_data的一部分setup.py，并使其可用于RNA.read_parameter_file(...)viapkg_resource.resource_filename(...)函数。
您可以在此处找到RNA模块接受的所有不同 DNA 和 RNA 参数。
示例：假设您的应用程序被调用awesomeRNA并且您的包的结构如下所示。
- awesomeRNA/
- docs/
- examples/
- tests/
- awesomeRNA/
- __init__.py
- awesomeRNA.py
- utils.py
- params/
- dna_mathews2004.par
- rna_andronescu2007.par
- setup.py
- setup.cfg
- README.md
- LICENSE
setup然后，您的内部函数的一部分setup.py可能包含以下内容。
setup(
# stuff before
packages=['awesomeRNA', 'awesomeRNA.params'],
package_dir={
'awesomeRNA': './awesomeRNA'},
package_data={
'awesomeRNA': ['params/*.par']},
install_requires=[
'numpy',
'ViennaRNA']
# stuff after
)
然后在您的应用程序代码中，您也许可以执行以下操作。
import RNA
import pkg_resources
def awesomeRNA_main(
seqeuence,
temperature=37,
param_name='dna_matthews2004'):
# Basic Setup
if temperature != 37:
RNA.cvar.temperature = temperature
RNA.cvar.dangles = 2
settings = RNA.md()
# Read Parameters
parameter_file = pkg_resources.resource_filename(
'awesomeRNA', 'params/{}.par'.format(
param_name))
RNA.read_parameter_file(parameter_file)
# Calculate MFE and Secondary Structure
fc_obj = RNA.fold_compound(
seqeuence,
settings)
structure, mfe = fc_obj.mfe()
# Return Results
return structure, mfe
注意这些示例仅用于演示目的。
故障排除
如果conda由于问题在环境中安装此软件包时遇到libgcc问题，您可能需要安装mamba( conda install -c conda-forge mamba)，或创建mamba以 ( ) 开头的环境conda create -n myEnvName -c conda-forge mamba。然后，简单地mamba install libgcc再试pip install ViennaRNA一次。此外，您可能需要mamba install libgcc-ng libstdcxx-ng.
执照
ViennaRNA包 (c) 理论生物化学组，维也纳大学。
ViennaRNA包有自己的自定义 LICENSE。
ViennaRNAPyPI 安装程序 (c) 2022 Ayaan Hossain。
ViennaRNAPyPI Installer 是MIT许可下的开源软件。
有关详细信息，请参阅许可证文件。
