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将 seurat obj 转换为 Adata

项目描述

将 Seurat Obj (rds) 转换为 Scanpy obj (adata)

用法:

conda enve create -f env.yaml
conda activate seuratToAdata

usage: seuratToAdata [-h] -o OUTPUT [--RNA] rds

positional arguments:
  rds                   Use - for STDIN or path for seurat obj(*.rds file)

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -o OUTPUT, --output OUTPUT
                        Specify path to write the results (default: None)
  --RNA                 Whether is store in the RNA slot (default: False)

可能会出现问题:

  1. UnicodeDecodeError:“ascii”编解码器无法解码位置 1 中的字节 0xcf:序数不在范围内(128)。

    通过修复语言环境解决:https ://stackoverflow.com/questions/51026315/how-to-solve-unicodedecodeerror-in-python-3-6/51027262#51027262

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源分布

seuratToAdata-0.0.6.tar.gz (3.8 kB 查看哈希

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内置分布

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