适用于 Python 的 Resolwe SDK
项目描述
Resolwe SDK for Python 支持与Resolwe服务器及其扩展Resolwe Bioinformatics的交互。您可以使用它来上传和检查生物医学数据集、提供注释、运行分析和编写管道。
文档和帮助
阅读文档中的详细说明。
安装
从 PyPI 安装：
pip install resdk
如果您想为 SDK 代码库做出贡献，请按照 开发人员的安装步骤进行操作。
快速开始
在这个展示中，我们将从服务器下载对齐的读取及其索引（BAM 和 BAI）：
import resdk
# Create a Resolwe object to interact with the server
res = resdk.Resolwe(url='https://app.genialis.com')
# Enable verbose logging to standard output
resdk.start_logging()
# Get sample meta-data from the server
sample = res.sample.get('resdk-example')
# Download files associated with the sample
sample.download()两个文件（BAM 和 BAI）都已下载到工作目录。去看一下。要了解有关 Resolwe SDK 的更多信息，请继续阅读 入门。
如果您无法访问 Resolwe 服务器，请通过 info @ genialis联系我们。com。
