pyjags_arviz

使来自 PyJAGS 的 MCMC 样本在 ArviZ 中可用

目录

1. 安装
2. 入门

安装

1. 通过 PIP 安装：

   pip install pyjags_arviz 
   

   或者

   pip3 install pyjags_arviz 
   

   如果不使用 Anaconda。

   要获取最新版本，请从 github 克隆存储库，打开终端/命令提示符，导航到根文件夹并通过安装

   pip install .
   

   或者

   pip3 install . 
   

   如果不使用 Anaconda。

用法

通过导入函数 convert_pyjags_samples_dict_to_arviz_inference_data

from pyjags_arviz import convert_pyjags_samples_dict_to_arviz_inference_data

通过使用 PyJAGS 从后验分布中采样

samples \
    = jags_model.sample(...)

一个可以写

idata = convert_pyjags_samples_dict_to_arviz_inference_data(samples)

将从 PyJAGS 返回的字典转换为 ArviZ InferenceData 对象。

此对象可在 ArviZ 中用于生成跟踪图和计算诊断。
轨迹图：

az.plot_trace(idata);

有效样本量：

az.ess(idata)

格尔曼和鲁宾统计：

az.rhat(idata)

自相关图：

az.plot_autocorr(idata);