一种分析分层直系同源组 (HOG) 的工具
项目描述
动机
pyHam 是一个便于分析分层直系同源组的库。它还包含一些运行标准类型分析的工具。
目前，Ham 仅限于分析存储在 orthoXML 文件中的 HOG。有关 orthoxml 架构的更多信息和一些示例，请访问http://orthoxml.org。
对于扩展文档，我们参考 docs 文件夹，其中包含有关库的常见用例和 API 文档的信息。
如何引用pyHam
如果您在工作中使用 pyHam，请考虑引用：
Clément-Marie Train、Miguel Pignatelli、Adrian Altenhoff、Christophe Dessimoz；iHam 和 pyHam：可视化和处理分层直系同源组，生物信息学，bty994，https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty994
安装
Ham是用python3编写的（也兼容python2），外部依赖很少，目前ete3、lml、6。安装脚本应自动解决这些依赖关系。考虑使用 pip 直接从签出的 git repo 安装包
python -m pip install --upgrade pip
pip install pyham例子
我们准备了一个现成的示例（请参见示例文件夹），其中包含一些 python 脚本来使用主要的 pyHam 功能。您只需在 bash 中运行以下命令：
python run_hog_queries.py
python run_treeProfile.py
python run_iHam.py入门
我们在http://lab.dessimoz.org/blog/2017/06/29/pyham创建了一篇关于 HOGs 和 pyHam 的介绍性博客文章。我们强烈建议您在开始使用 pyHam 之前阅读它。
我们还在http://zoo.cs.ucl.ac.uk/tutorials/tutorial_pyHam_get_started.html上创建了一个 ipython 笔记本来帮助您使用 pyHam API 和嵌入式工具。
兼容性表
各种 HOG 推理资源对 pyHam 的支持。
资源 |
物种树格式 |
正交XML |
支持 |
|---|---|---|---|
是的 |
|||
PhyloXML 和 Newick |
所有的猪 |
是的 |
|
一次一只猪 |
是的 |
||
一次一只猪 |
是的 |
文档
您可以在http://zoo.cs.ucl.ac.uk/doc/pyham/index.html获得 pyHam 的完整文档
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定要选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。