pygamd 1.0.5

版本 1

版权所有：鲁集团

分子动力学是胶体、聚合物、生物分子等科学研究中必不可少的工具。PYGAMD是一个基于 Python3 Numba 的平台，用户可以自行定义模型和方法。模拟模型的范围可以从全原子到粗粒度。

安装

pygamd：

python3 setup.py install

摩尔根：

python3 setup.py 构建

python3 setup.py install

数据处理：

sh compile.sh

引文

To cite PYGAMD in publications use:

Thanks to Zhongyuan Lu group for providing PYGAMD software in our research work.

文档

官网：https ://pygamd.com在线手册可以在这里阅读： https ://pygamd-v1.readthedocs.io/en/latest/ 。jupyter notebook 写的教程在这里： https ://nbviewer.jupyter.org/github/youliangzhu/pygamd-v1/tree/main/tutorials/index.ipynb 。更多示例可以在这里找到： https ://github.com/youliangzhu/pygamd-v1/tree/main/examples 。

示例：二嵌段共聚物的 DPD 模拟

1 第一步：生成配置

import molgen

mol1=molgen.Molecule(10)#particle number
mol1.setParticleTypes("A,A,A,A,A,B,B,B,B,B")#type
mol1.setTopology("0-1,1-2,2-3,3-4,4-5,5-6,6-7,7-8,8-9")#topology
mol1.setBondLength(0.75)#bond length
mol1.setMass(1.0)#mass


gen=molgen.Generators(20,20,20) # box size in x, y, and z direction
gen.addMolecule(mol1,2400)#molecule, the number of molecules
gen.outPutMST("A5B5") #file name

2 第二步：运行模拟

import pygamd

mst = pygamd.snapshot.read("A5B5.mst")
app = pygamd.application.dynamics(info=mst, dt=0.04)

fn = pygamd.force.dpd(info=mst, rcut=1.0)
fn.setParams(type_i="A", type_j="A", alpha=25.0, sigma=3.0)
fn.setParams(type_i="B", type_j="B", alpha=25.0, sigma=3.0)
fn.setParams(type_i="A", type_j="B", alpha=40.0, sigma=3.0)
app.add(fn)

fb = pygamd.force.bond(info=mst, func='harmonic')
fb.setParams(bond_type = 'A-A', param=[4.0, 0.0])# param=[k, r0]
fb.setParams(bond_type = 'A-B', param=[4.0, 0.0])# param=[k, r0]
fb.setParams(bond_type = 'B-B', param=[4.0, 0.0])# param=[k, r0]
app.add(fb)

inn = pygamd.integration.gwvv(info=mst, group='all')
app.add(inn)

dm = pygamd.dump.mst(info=mst, group=['A', 'B'], file='p.mst', period=10000)
app.add(dm)

di = pygamd.dump.data(info=mst, group='all', file='data.log', period=100)
app.add(di)

app.run(500000)

贡献

我们欢迎对 PYGAMD 的贡献。无论是报告错误，通过提问开始讨论，还是提议/请求新功能，请在此处创建新问题（https://github.com/youliangzhu/pygamd-v1/issues/）或给作者朱友良博士写一封邮件（Email: ylzhu@pygamd.com ），让我们讨论一下。请注意，这个项目是随贡献者行为准则一起发布的。参与本项目即表示您同意遵守其条款。