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Python 的广义漂移扩散建模

项目描述

PyDDM - Python 的广义漂移扩散模型

概述

PyDDM 是用于广义漂移扩散模型 (DDM) 的模拟器和建模框架,专注于认知神经科学。

主要特点包括:

  • 使用 Crank-Nicolson 数值求解的模型以求解 Fokker-Planck 方程(也提供反向欧拉、解析解和粒子模拟)
  • 漂移率、噪声、界限和初始位置分布的任意函数
  • 参数拟合的任意损失函数和拟合方法
  • 可选的多处理器支持
  • 用于调试和获得不同模型直觉的可选 GUI
  • 方便且可扩展的面向对象 API 允许以组件方式构建模型
  • 使用新颖的程序验证技术验证模拟的准确性

有关详细信息,请参阅文档常见问题解答教程。有关 PyDDM 社区的帮助,请参阅Github 论坛。您还可以通过电子邮件注册发布公告

安装

通常,您可以安装:

$ pip install pyddm

如果您在共享环境(例如集群)中,请安装:

$ pip install pyddm --user

如果从源代码安装,请下载源代码,解压缩,然后执行以下操作:

$ python3 setup.py install

系统要求

  • Python 3.5 或以上
  • Numpy 1.9.2 或更高版本
  • Scipy 0.16.0 或更高版本
  • Matplotlib
  • 偏执的科学家
  • Pathos(可选,用于多处理支持)
  • AC 编译器(如果您还没有,最简单的安装方法可能是安装 Cython。)

接触

有关使用 PyDDM 的帮助,请参阅Github 论坛

请向https://github.com/mwshinn/pyddm/issues报告错误。这包括文档的任何问题。非常感谢对错误的拉取请求。

由于资源有限,目前不接受功能请求。如果您在 PyDDM 中实现了新功能,请在 Github 上提交 Pull Request 之前执行以下操作:

  • 确保您的代码干净且注释良好
  • 如果合适,更新 docs/ 目录下的官方文档
  • 确保您的代码具有偏执狂科学家验证条件
  • 为您的新功能编写单元测试和可选的集成测试 (runtests.sh)
  • 确保所有现有测试通过

对于所有其他问题或意见,请联系m.shinn@ucl.ac.uk

执照

所有代码都在 MIT 许可下可用。有关详细信息,请参阅 LICENSE.txt。

项目详情


下载文件

下载适用于您平台的文件。如果您不确定要选择哪个,请了解有关安装包的更多信息。

源分布

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内置发行版

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pyddm-0.6.1-cp310-cp310-win32.whl (88.8 kB 查看哈希

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