prospr - 使用 Python 进行蛋白质折叠的工具箱。

使用 Python 进行蛋白质折叠的工具箱。

License: GNU Lesser General Public License v3 (LGPLv3) (LGPLv3)

作者: okkevaneck

Tags prospr, protein, structure, prediction, toolbox, python, c++, swig, cmake, extension, heuristics, pypi, package

Requires: Python >=3.6

项目描述

Prospr：蛋白质结构预测工具箱

GitHub GitHub 版本（最新日期，包括预发布版本） GitHub 工作流状态（分支）
创作者：奥克·范·埃克

该项目是 HP 模型中蛋白质结构预测的通用工具箱。它将包含一个数据结构，用于创建自己的算法、预先创建的算法、数据集和可视化函数。除了折叠蛋白质外，该软件包还可以为算法确定蛋白质的相对硬度。这允许在不同算法之间进行公平比较。

到目前为止，在 n 维中仅支持方格。氨基酸只能放置在正方形的角落，并且必须与先前放置的氨基酸相距一个单位。

安装指南

这个包可以简单地通过 pip 安装，方法是运行：

pip install prospr

档案

所有 C++ 核心文件和数据集也可作为压缩档案使用。有关直接链接，请参阅下面的小节。

C++ 核心

prospr 运行的所有核心代码都可以作为压缩存档使用。该文件夹archives包含一个.zip和一个.tar.gz存档。

数据集

完整的数据集集合在 archives文件夹中以压缩存档的形式提供。它以.zip和 .tar.tz存档的形式提供。

示例用法

工作正在进行中

未来的工作

该工具箱可用于离散模型中的其他蛋白质折叠问题。通过创建模块化氨基酸来支持不同的模型将是一个很好的扩展。

变更日志

工作正在进行中

执照

使用的许可证是 GNU LESSER GENERAL PUBLIC LICENSE。可以在 GitHub 上的LICENSE文件中找到副本。

项目详情

许可证： GNU 宽通用公共许可证 v3 (LGPLv3) (LGPLv3)

添加一名作者

标签 prospr、蛋白质、结构、预测、工具箱、 python、 c++、 swig、 cmake、扩展、启发式、 pypi、包

要求： Python >=3.6

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0.2a2 预发布

2021 年 4 月 9 日

0.2a1 预发布

2021 年 3 月 22 日

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2021 年 3 月 19 日

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2021 年 3 月 18 日

0.1a10 预发布

2020 年 12 月 29 日

0.1a9 预发布

2020 年 12 月 29 日

0.1a8 预发布

2020 年 12 月 29 日

0.1a7 预发布

2020 年 12 月 29 日

0.1a6 预发布

2020 年 12 月 28 日

0.1a5 预发布

2020 年 12 月 28 日

0.1a4 预发布

2020 年 12 月 28 日

0.1a3 预发布

2020 年 8 月 27 日

0.1a2 预发布

2020 年 7 月 23 日

0.1a1 预发布

2020 年 7 月 23 日

0.1a0 预发布

2020 年 7 月 20 日

下载文件

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源分布

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已上传 2021 年 4 月 9 日 source

内置发行版

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已上传 2021 年 4 月 9 日 pp37

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已上传 2021 年 4 月 9 日 pp36

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已上传 2021 年 4 月 9 日 pp36

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已上传 2021 年 4 月 9 日 cp39

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prospr -0.2a2.tar.gz 的哈希值

prospr-0.2a2.tar.gz 的哈希值
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prospr -0.2a2-pp36-pypy36_pp73-macosx_10_9_x86_64.whl 的哈希值

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prospr -0.2a2-cp39-cp39-win_amd64.whl 的哈希值

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prospr -0.2a2-cp39-cp39-manylinux2010_x86_64.whl 的哈希值

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