古/岩石磁数据分析工具
项目描述
PmagPy是一套用于分析古地磁数据的综合工具。它有助于解释退磁数据、Thellier 型实验数据和其他类型岩石磁性实验的数据。PmagPy 可用于创建各种有用的图并进行统计测试。它旨在与 MagIC 数据库 ( https://earthref.org/MagIC ) 一起使用，允许操作下载的数据集以及准备新的贡献以上传到 MagIC 数据库。PmagPy 中的函数可以在 Jupyter 笔记本中导入和使用，从而实现完整记录和精美插图的数据分析。
## 引用 PmagPy
PmagPy 的用户应该引用开放访问文章：
Tauxe, L., R. Shaar, L. Jonestrask, NL Swanson-Hysell, R. Minnett, AAP Koppers, CG Constable, N. Jarboe, K. Gaastra 和 L. Fairchild (2016), PmagPy：古地磁软件包数据分析和通往 Geochem 磁信息联盟 (MagIC) 数据库的桥梁。地球物理学。地质系统，17，https: //doi.org/10.1002/2016GC006307 。
＃＃ 主要特点
PmagPy 包括：
用于将数据转换为 MagIC 数据库格式 (pmag_gui)、分析退磁数据 (demag_gui) 和分析古强度数据 (tellier_gui) 的 GUI 程序。这些 GUI 作为 python 包 pmagpy-cli 的一部分提供。或者，这些 GUI 可以作为 [可执行程序](#stand-alone-applications) 在此存储库之外下载。
用于各种古地磁数据分析和整理的命令行程序（包含在存储库的程序文件夹中，pip 安装为 pmagpy-cli）。
用于古地磁数据分析 (pmagpy.pmag) 和绘图 (pmagpy.pmagplotlib) 的 pmagpy 功能模块，以及在 Jupyter notebook (pmagpy.ipmag) 等交互式计算环境中进一步启用古地磁数据分析的功能模块。这些模块中的功能是 GUI 和命令行程序的核心。安装 pmagpy 后（[如下所述](#full-pmagpy-install)），可以导入这些模块（例如，`from pmagpy import ipmag`）。
[PmagPy 食谱]( http://earthref.org/PmagPy/cookbook )中提供的示例中使用的示例数据文件
[Cookbook]( http://earthref.org/PmagPy/cookbook )中描述了所有这些特征的使用，数据和代码背后的基础科学可以在 [Essentials of Paleomagnetism: Third Web Edition]( http://earthref.org/MagIC/books/Tauxe/Essentials/）。使用 PmagPy 的示例 Jupyter 笔记本可以在这个 [repository]( https://github.com/PmagPy/2016_Tauxe-et-al_PmagPy_Notebooks )中找到
##如何获取
有几种不同的方式来安装 PmagPy。[PmagPy 食谱]( http://earthref.org/PmagPy/cookbook )中提供了 PmagPy 安装和使用的完整文档。
您可以在此处尝试 PmagPy 的预览：
[](https://mybinder.org/v2/gh/PmagPy/PmagPy-notebooks/master?filepath=PmagPy.ipynb )
请耐心等待，预览将需要几分钟才能启动。
### 独立应用程序
如果您不需要完整的 PmagPy 功能，而只想使用 Pmag GUI、MagIC GUI、Thellier GUI 和 Demag GUI，则无需安装 Python 的独立下载。下载后，当您双击它们的图标时，GUI 应该会运行，但它们需要一些时间才能启动（从 5 到 30 秒），请耐心等待。
#### OSX 独立下载
你可以在这里找到最新的稳定版本：[Mac PmagPy Executable Application]( https://github.com/PmagPy/PmagPy-Standalone-OSX/releases/latest )
#### Windows 单机版下载
您可以在此处找到最新的稳定版本：[Windows PmagPy 可执行应用程序]( https://github.com/PmagPy/PmagPy-Standalone-Windows/releases/latest )
#### Linux 单机版下载
此二进制文件仅在 Ubuntu 14.04 (Trusty) 发行版上进行了测试，在其他发行版上可能会遇到问题。
你可以在这里找到最新的稳定版本：[Linux PmagPy Executable Application]( https://github.com/PmagPy/PmagPy-Standalone-Linux/releases )
### 完整的 PmagPy 安装
要充分利用 PmagPy 功能，您首先必须安装带有一些标准科学模块的 Python。您可以按照[此处]（https://earthref.org/PmagPy/cookbook/#x1-60001.2）的说明进行操作。安装 Python 后：
查找并打开您的命令行（有关查找命令提示符的帮助，请参阅[文档]（http://earthref.org/PmagPy/#command_line））
更新 pip：在命令行输入：`pip install --upgrade pip`
安装或更新 pmagpy：使用命令：`pip install --upgrade pmagpy`
安装或更新 pmagpy-cli，使用命令：`pip install --upgrade pmagpy-cli`
要卸载，请使用命令：`pip uninstall pmagpy`和`pip uninstall pmagpy-cli`
如果遇到问题，请使用 pip 卸载 pmagpy 和 pmagpy-cli，然后再次尝试先安装 pmagpy，然后再安装 pmagpy-cli
如果您想访问主分支而不是最新版本，请参阅 [开发人员安装说明]( https://earthref.org/PmagPy/cookbook/#developer_install )。
<!– 或者，如果您只想安装最新的开发版本而不弄乱环境变量，您可以下载或克隆存储库并运行python setup.py install，它将使用安装工具将 PmagPy 安装在 python 可以访问的地方在你的路上。但是，当您使用git pull origin master更新时，这不会更新您的库的路径版本，而是您必须手动使用设置工具进行更新。–>
## 背景和支持
PmagPy 项目的代码库由 Lisa Tauxe（斯克里普斯海洋研究所地球物理学特聘教授）在美国国家科学基金会的资助下建立了多年。Nick Swanson-Hysell（加州大学伯克利分校助理教授）、Ron Shaar（耶路撒冷希伯来大学高级讲师）、Lori Jonestrask 和 Kevin Gaastra 等人对该项目做出了重大贡献。
## 贡献
如果您想参与该项目 - 无论这意味着报告错误、请求功能还是添加重要代码 - 请查看该项目的 [贡献指南]( https://github.com/PmagPy/PmagPy/blob/主/CONTRIBUTING.md）。
＃＃ 更多信息
此代码和 PmagPy 食谱 ( http://earthref.org/PmagPy/cookbook ) 是《古地磁学要点：第三版》 ( http://earthref.org/MagIC/books/Tauxe/Essentials/ )由 Lisa Tauxe 撰写，Subir K. Banerjee、Robert F. Butler 和 Rob van der Voo 贡献。该书的印刷版于 2010 年 1 月由加州大学出版社 ( http://www.ucpress.edu/book.php?isbn=9780520260313 ) 出版。
## 许可
此代码可以自由使用、修改和共享。它根据 3 条款 BSD 许可证获得许可。有关详细信息，请参阅 [license.txt]( https://github.com/ltauxe/PmagPy/blob/master/license.txt )。
](https://mybinder.org/v2/gh/PmagPy/PmagPy-notebooks/master?filepath=PmagPy.ipynb){kind=link}