PhyloSuite

PhyloSuite 是一个集成且可扩展的桌面平台，用于简化分子序列数据管理和进化系统发育研究。它结合了之前两个工具的功能：MitoTool（https://github.com/dongzhang0725/MitoTool）和BioSuite（https://github.com/dongzhang0725/BioSuite）。

PhyloSuite 的界面和主要功能。

PhyloSuite 的工作流程图。

流程图摘要和使用程序的参考。

主页

https://dongzhang0725.github.io或http://phylosuite.jushengwu.com/（中国）

安装

1.安装编译好的PhyloSuite

所有平台的安装程序都可以从https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite/releases下载。

现在下载

中文下载链接

1.1。视窗

支持Windows 7、8、10，双击PhyloSuite_xxx_win_setup.exe安装，安装后运行“PhyloSuite.exe”文件即可。如果安装失败，请下载PhyloSuite_xxx_Win.rar，解压缩，然后直接从该文件夹运行 PhyloSuite。

1.2. Mac OSX 和 Linux

解压PhyloSuite_xxx_Mac.zip/PhyloSuite_xxx_Linux.tar.gz到任何你喜欢的地方，然后双击“PhyloSuite”（在 PhyloSuite 文件夹中）启动，或者使用以下命令：

cd path/to/PhyloSuite
./PhyloSuite

如果遇到“permission denied”的错误，尝试使用以下命令：

chmod -R 755 path/to/PhyloSuite(folder)

请注意，支持 64 位和 32 位 Windows（Windows 7 及更高版本），而仅 64 位已在 Linux（Ubuntu 14.04.1 及更高版本）和 Mac OSX（macOS Sierra 版本 10.12.3 及更高版本）中进行了测试。

2.使用pip安装

首先，应安装 Python（版本高于 3.6）并将其添加到计算机的环境变量中。然后打开终端并输入：

pip install PhyloSuite

安装需要一些时间。如果安装成功，PhyloSuite 会自动添加到环境变量中。然后再次打开终端并输入：

PhyloSuite

如果上述pip命令无法安装 PhyloSuite，您可以使用编译好的 PhyloSuite（参见 参考资料section 1）或在此处查找并下载源代码（https://pypi.org/project/PhyloSuite/#files或https://github.com/dongzhang0725 /PhyloSuite )，然后手动安装。

3.手动安装

同样，应预先安装 Python（3.6 以上版本）并将其添加到计算机的环境变量中。如果是，则从 github 下载 PhyloSuite，使用git clone https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuite.git或使用https://github.com/dongzhang0725/PhyloSuiteClone or download中的-->Download ZIP按钮。之后，将您的目录更改为包含该文件的文件夹，然后键入：PhyloSuitesetup.py

python setup.py install

例子

https://raw.githubusercontent.com/dongzhang0725/PhyloSuite/master/example.zip

错误报告

Google group , Github issue或发邮件至dongzhang0725@gmail.com。

引文

Zhang, D., F. Gao, I. Jakovlić, H. Zou, J. Zhang, WX Li 和 GT Wang, PhyloSuite：用于简化分子序列数据管理和进化系统发育研究的集成和可扩展桌面平台。分子生态资源，2020. 20(1): p. 348–355。DOI：10.1111/1755-0998.13096。（下载为：RIS XML ENW）