公共卫生数据基础设施 Building Blocks 是一个帮助公共卫生部门处理数据的库
项目描述
PRIME 公共卫生数据基础设施
一般免责声明此存储库是为 CDC 计划使用而创建的，用于在支持CDC 使命的公共卫生相关项目上进行协作。GitHub 并非由 CDC 托管，而是 CDC 及其合作伙伴用来共享信息和就软件进行协作的第三方网站。CDC 对 GitHub 的使用并不意味着对任何特定服务、产品或企业的认可。
入门
为了使用 PHDI Building Blocks 库，您需要Python 3.9 或更高版本以及pip python 包管理器（或任何 python 包管理器）
使用 pip 安装：
pip install phdi
如何导入 PHDI
我们的项目分为两部分。我们的 FHIR 支持版本和我们的通用版本。
FHIR 的示例导入：
from phdi.fhir.geospatial.smarty import SmartyFhirGeocodeClient
通用导入示例：
from phdi.geospatial.smarty import SmartyGeocodeClient
每个构建块都有一个 FHIR 对应项，可以很好地与 FHIR 捆绑包作为输入一起使用。通用版本用于所有其他非 FHIR 输入。
有关本教程的更多信息：地理空间教程
概述
PRIME 公共卫生数据基础设施项目是大流行就绪互操作性现代化努力的一部分，这是 CDC 和美国数字服务 (USDS) 之间的多年合作，旨在加强州和地方卫生部门的数据质量和信息技术系统。
该存储库包含一个平台的源代码，可帮助州、部落、地方和地区 (STLT) 公共卫生部门获取和报告公共卫生数据。它包含以下组件：
- 数据摄取- 数据摄取工具提供了一个通用框架来准备数据以进行存储，并将数据存储在通用标准数据模型 ( FHIR ) 中。
- 协调- 数据协调工具可以对原始输入数据（HL7 版本 2，CCDA）进行操作并转换为通用数据模型格式 (FHIR)。
- 地理空间- 地理空间工具提供了一个通用接口，用于根据输入数据中的街道地址获取精确的地理位置。
- 链接- 链接工具为患者记录分配一个通用标识符，以链接和删除跨数据贡献者看到的患者。
- 传输- 传输工具提供了一种机制来存储存储到中央存储库（FHIR 服务器）的数据并与之交互。
- 报告- 报告工具定义了一个动态框架，用于以分析就绪的输出格式构建自定义数据模型。
- 制表- 制表提供了从通用数据平台（FHIR 服务器）检索数据动态定义的记录和数据字段、提取、将其转换为表格表示形式并存储到用户定义的表格存储文件类型（Parquet 或 CSV）的工具.
- 实施支持- 实施资源支持实施 STLT 以配置 PHDI 驱动的工作流来管理他们的数据和分析工作流。
- 与云无关的工具——一个通用的 PHDI 编程接口支持 STLT 以一种通用的方式与基于云的数据存储（容器/存储桶）和 FHIR 服务器进行交互。
- 示例和教程- 示例和教程材料通过提供易于理解的示例和教程，帮助 STLT 更快地实施 PHDI 解决方案。
PRIME 公共卫生数据基础设施的原型是PRIME ReportStream的兄弟项目，专注于向公共卫生部门提供 COVID-19 测试数据，而PRIME SimpleReport则致力于以更好的方式报告 COVID-19 快速测试。
问题范围
长期愿景：当前消化、分析和响应数据的公共卫生系统是孤立的。由于缺乏对可操作数据的访问权限，我们的国家以及州、地方和地区的基础设施还没有为大流行做好准备。我们的目标是帮助 CDC 最好地支持 STLT 迈向现代公共卫生数据基础设施。
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相关文件
附加标准声明
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