用于 PDB 文件的瑞士军刀。
项目描述
pdb 工具
用于操作和编辑 PDB 文件的瑞士军刀。
寻找其他pdb 工具？
Harms 实验室维护着一组工具，也称为pdbtools，它们执行一组略有不同的功能。你可以在这里找到它们。
关于
操作 PDB 文件通常很痛苦。提取特定链或一组残基、重新编号残基、拆分或合并模型和链，或者只是确保文件符合 PDB 规范，这些都是可以使用任何合适的解析库或图形界面完成的任务示例。然而，这些几乎总是需要 1) 脚本知识，2) 时间，以及 3) 安装一个或多个程序。
pdb-tools被设计为 PDB 格式的瑞士刀。除了显然Python 编程语言之外，它们没有外部依赖项。它们是一组旧的 FORTRAN77 程序的后代，这些程序具有使用流的特殊优势，即一个脚本的输出可以通过管道传输到另一个。由于 FORTRAN77 也很痛苦，我用 Python 重写了它们并添加了更多实用程序。
脚本的理念很简单：一个脚本，一项任务。如果您想做两件事，请将脚本连接在一起。将考虑对新脚本的请求 - 使用“问题”按钮或自己编写它们并创建拉取请求。
安装说明
pdb-tools在 PyPi 上可用并且可以安装pip。这是推荐的方式，因为它使更新/卸载变得相当简单：
pip install pdb-tools
因为我们在开发中使用语义版本控制，所以pdb-tools每个错误修复或新功能都会导致软件的新版本自动发布在 PyPI 上。因此，在 github 上的代码和你可以安装的最新版本没有区别pip。要将您的安装更新到最新版本的代码运行：
pip install --upgrade pdb-tools
我能用它们做什么？
工具的名称应该是不言自明的。他们的命令行界面也非常一致。因此，这里有几个示例可以帮助您入门：
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下载结构
pdb_fetch 1brs > 1brs.pdb # 6 chains pdb_fetch -biounit 1brs > 1brs.pdb # 2 chains
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重新编号结构
pdb_reres -1 1ctf.pdb > 1ctf_renumbered.pdb
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选择链
pdb_selchain -A 1brs.pdb > 1brs_A.pdb pdb_selchain -A,D 1brs.pdb > 1brs_AD.pdb
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删除氢
pdb_delelem -H 1brs.pdb > 1brs_noH.pdb
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选择骨架原子
pdb_selatom -CA,C,N,O 1brs.pdb > 1brs_bb.pdb
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选择链、删除 HETATM 并生成有效的 PDB 文件
pdb_selchain -A,D 1brs.pdb | pdb_delhetatm | pdb_tidy > 1brs_AD_noHET.pdb
注意：在 Windows 上，这些工具将具有.exe扩展名。
我不能用他们做什么？
涉及坐标或数值计算的操作通常不在pdb-tools. 为此使用适当的库，它将更快且可扩展。此外，虽然我们提供 mmCIF<->PDB 转换器，但我们不支持具有超过 99999 个原子或单个链中的 9999 个残基的大型 mmCIF 文件。如果您尝试在这样的分子上使用它们，我们的工具会报错。
引文
我们最终决定写一篇描述这些工具的小型出版物。如果您在即将发布的项目中使用它们，请引用我们：
Rodrigues JPGLM, Teixeira JMC, Trellet M and Bonvin AMJJ.
pdb-tools: a swiss army knife for molecular structures.
F1000Research 2018, 7:1961 (https://doi.org/10.12688/f1000research.17456.1)
如果您使用支持 BibTex 的参考管理器，请使用此记录：
@Article{ 10.12688/f1000research.17456.1,
AUTHOR = { Rodrigues, JPGLM and Teixeira, JMC and Trellet, M and Bonvin, AMJJ},
TITLE = {pdb-tools: a swiss army knife for molecular structures [version 1; peer review: 2 approved]
},
JOURNAL = {F1000Research},
VOLUME = {7},
YEAR = {2018},
NUMBER = {1961},
DOI = {10.12688/f1000research.17456.1}
}
要求
pdb-tools应该在 Python 2.7+ 和 Python 3.x 上运行。我们在 Python 2.7、3.6 和 3.7 上进行测试。没有依赖关系。
从源安装
下载 zip 存档或使用 git 克隆存储库。我们推荐这种git
方法，因为它使更新工具变得非常简单。
# To download
git clone https://github.com/haddocking/pdb-tools
cd pdb-tools
# To update
git pull origin master
# To install
python setup.py install
贡献
如果您想为 的开发做出贡献pdb-tools、提供错误修复或新工具，请在此处CONTRIBUTING阅读我们的说明。
执照
pdb-tools是开源的，并根据 Apache 许可证 2.0 版获得许可。有关详细信息，请参阅许可证文件。
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定要选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。