panno 0.2.3

PANno：用于临床基因组测试的药物基因组学注释工具

PANno 通过解析来自 NGS 和个体所属人群的种系变异调用格式 (VCF) 文件来报告药物反应和处方建议。PANno 通过解析、注释和报告个体的种系变异，提供端到端的临床药物基因组学决策支持解决方案。

PANno 中引入了基于等位基因定义和群体等位基因频率开发的专用于推断双倍型的排序模型。与使用基因测试参考材料协调计划 (GeT-RM) 的共识双倍型数据作为基本事实的四种类似工具相比，验证了双倍型的预测性能。

进一步提出了一种注释方法来总结已解决基因型的药物反应水平（降低、中度和升高）和临床证据水平（A和B）。

地位

PANno 仍在积极开发中。在当前版本中，您应该只使用它来评估 PANno 是否会在您的系统上正确编译和运行。PANno 报告中的所有信息都直接从上传的 VCF 文件中解释。用户认识到他们使用 PANno 的风险自负。

安装

先决条件：需要在您的环境中加载 PANno 才能Python >= 3.7使全部功能正常工作。

您可以使用 pip 从PyPI安装 PANno，如下所示：

pip install panno

或者，您可以使用Conda创建环境：

conda create -n PAnno panno -c lyaqing -c conda-forge -c bioconda

如果您想要开发版本，命令是：

pip install --upgrade --force-reinstall git+https://github.com/PreMedKB/PAnno.git
# Or download first and install later
git clone https://github.com/PreMedKB/PAnno.git; pip install PAnno

用法

安装后，您可以通过导航到您的 VCF 文件并输入相应的人口的三字母缩写来使用 PANno：

panno -s sample_id -i germline_vcf -p population -o outdir

• 必需的参数

-s, --sample_id TEXT            Sample ID that will be displayed in the PAnno report.

-i, --germline_vcf TEXT         Unannotated VCF file, preferably germline variant.

-p, --population [AAC|AME|EAS|EUR|LAT|NEA|OCE|SAS|SSA]
                                The three-letter abbreviation for biogeographic groups:
                                AAC (African American/Afro-Caribbean), AME (American),
                                EAS (East Asian), EUR (European), LAT (Latino),
                                NEA (Near Eastern), OCE (Oceanian),
                                SAS (Central/South Asian), SSA (Sub-Saharan African).

-o, --outdir TEXT               Create report in the specified output path.

输入数据

1. Germline VCF 文件

PANno 直接使用 NGS 衍生的生殖系 VCF 文件作为输入，并假定它已经过质量控制。因此，如果 VCF 文件质量较差，可能会报告不准确的基因型和不适当的临床建议。

鉴于日益增加的通用性和内置的双倍型定义依赖版本，PANno 需要与 GRCh38 参考基因组对齐的 VCF 文件。

2. 人口

PANno 支持九个生物地理组：

AAC（非洲裔美国人/非洲裔加勒比）、AME（美国）、EAS（东亚）、EUR（欧洲）、LAT（拉丁美洲）、NEA（近东）、OCE（大洋洲）、SAS（中部/南亚）、SSA（撒哈拉以南非洲）。

如需更多信息，请访问https://www.pharmgkb.org/page/biogeographicalGroups。

请使用三个字母的缩写作为输入。这是为了防止由空格等特殊符号引起的错误。

输出数据

默认情况下会${sample_id}.html在其中创建报告。outdir

有关更详细的说明，请运行panno -h.

例子

我们使用 PANno 分析了来自 GeT-RM PGx 研究的 88 个样本的种系变体。生成的 PGx 报告可在https://github.com/PreMedKB/PAnno-analysis/report获得。

这是来自 PANno 报告的快照：

核心组件

双倍型推断的 PANno 排序模型

基因型解析旨在从用户提交的 VCF 文件中提取小变异（SNV 和 Indel）的等位基因和与 PGx 相关的双倍型。PANno 处理“GT”信息以获得所有相关的单位点基因型。之后，小变异的基因型将直接传递给临床注释，而与双倍型定义相关的基因型将传递给 PANno 排序模型。然后将注释具有最高排名的输出双倍型。

用于预测个体水平药物反应的 PANno 注释方法

该组件旨在发现“药物-基因型-反应-证据”的关系。PANno 注释方法将关于基因型的文字 PGx 知识转化为定量分数。然后，多种基因型与单一药物之间的关联进一步转化为与该药物的个体水平关联。然后根据反应的强度和证据的可靠性报告对特定药物的个体反应。