自动 PAIRed REfinement 协议
项目描述
自动 PAIRed REfinement 协议
PAIREF是一种供大分子晶体学家使用的工具，可自动执行PAIRed REfinement 协议 [ 1 ]以估计最佳高分辨率截止值。它是用 Python 开发的，可以作为模块安装到Computational Crystallography Toolbox中。它提供了图形和命令行界面来执行所有需要的计算。可以详细指定细化参数，以将所有计算置于用户的完全控制之下。获得的结果在 HTML 日志文件中以图表和表格的形式呈现。PAIREF支持REFMAC5（CCP4 软件套件的一部分）和phenix.refine（PHENIX ) 用于结构模型细化。
安装和系统要求
PAIREF依赖于CCP4 软件套件或PHENIX。两者都包含带有 Python 和pip的计算晶体学工具箱。PAIREF适用于 Python 2 和 Python 3。
PAIREF可以cctbx.python -m pip install pairef --user --no-deps在终端 (GNU/Linux, macOS) 或 CCP4Console (Windows) 中轻松安装运行命令。文档中提供了更多信息。还要检查https://pairef.fjfi.cvut.cz/上的PAIREF主页和PyPI 存储库。
例子
要针对一系列截止值（1.7、1.6 和 1.5 Å）运行模型的配对优化（之前以 1.81 Å 优化），请执行以下命令：
cctbx.python -m pairef --XYZIN model_1-81A.pdb --HKLIN data_1-5A.mtz --HKLIN_UNMERGED data_1-5A_unmerged.mtz -i 1.81 -r 1.7,1.6,1.5有关其他程序参数的详细信息，请阅读http://pairef.fjfi.cvut.cz/docs上的文档。
学分和联系方式
请参考：M. Maly、K. Diederichs、J. Dohnalek、P. Kolenko： PAIRREF (2020) IUCrJ 7控制下的配对细化
PAIREF由 Martin Malý 与捷克技术大学、捷克科学院和康斯坦茨大学合作开发。如有任何疑问或问题，请不要犹豫，写信给我们：马丁。马来@fjfi 。_ 简历。捷克。
