OncoPlot 提取器

关于

OncoPlot Extractor 提供 python3.x 库来读取标准的 oncoplots，也称为突变矩阵。该库允许您将提取的数据导出为 pandas.DataFrame，以便可以使用 pandas 提供的工具包对数据进行修改。该软件包包含的两个主要模块是 OncoPlotExtractor 和 OncoPlotCreator。

安装

请使用 python pip 安装这个库作为

$ pip3 -U install oncoplot-extractor

文档

您可以在此处找到大量文档

用法

OncoPlot 提取器

from oncoplot_extractor import OncoPlotExtractor

oce = OncoplotExtractor(
    path="path/to/oncoplot.png", # path to oncoplot image
    corners=(0,0,100,100), # corners are optional
    background_color=["#ffffff"] # you can also use oce.get_background_from_pixel()
    )
oce.extract()
oce.export_to_excel("path/to/oncoplot.xlsx")

OncoPlot 创作者

import pandas as pd
from oncoplot_extractor import OncoPlotCreator

df = pd.DataFrame(my_data)
opc = OncoPlotCreator(df=my_df, cell_size=60, workbook=wb, offset=10)
opc.gen_base_oncoplot()
opc.save(filename="my_oncoplot.xlsx")

贡献

这个项目非常业余，我希望帮助那些可能遇到将一张图像或 pdf 作为 oncoplot 并需要实际数据的问题的人。如果对您有帮助或有建议，请告诉我。

我非常感谢您的贡献，我会尽快到达 PR。