nibetaseries 0.6.0

NiBeta系列是什么？

NiBetaSeries 是与BIDS兼容的应用程序 ，用于计算 betaseries 相关性。简而言之，为每个试验（或事件）计算一个 beta 系数（即参数估计），从而产生一系列可以跨感兴趣区域相关的 beta（“betaseries”）。

我为什么要使用它？

您的任务 fMRI 数据中隐藏着潜在的见解。Rest fMRI 拥有众多工具箱，可以通过一些努力将其应用于任务 fMRI，但专注于制作 betaseries 的工具箱并不多。然后，Betaseries 可用于相关性/分类和大量其他分析。虽然存在一些替代方案（pybetaseries和BASCO），但 NiBetaSeries 是唯一与BIDS组织数据交互的应用程序，其目标是提供像fMRIPrep这样的命令行应用程序体验。

NiBetaSeries 给了我什么？

目前 NiBetaSeries 返回 beta 系列图像和可选的对称 z 变换相关矩阵，其中包含在地图集中定义的每个宗地的条目。

运行 NiBetaSeries 需要什么？

NiBetaSeries 将BIDS和预处理数据作为满足 BIDS 衍生规范的输入。实际上，NiBetaSeries 使用 fMRIPrep 的输出，这是一个出色的 BIDS 兼容预处理工具。NiBetaSeries 要求输入和图集已经在同一个空间（例如，MNI 空间）中。有关更多详细信息，请参阅用法和教程 (sphx_glr_auto_examples_plot_run_nibetaseries.py)

参与其中

这是一个非常年轻的项目，仍然需要一些温柔的关爱才能成长。那就是你适合的地方！如果您想投稿，请阅读我们的 code_of_conduct 和投稿页面（投稿）。

谢谢！

该项目大量利用nipype、 nilearn、pybids和 nistats进行开发。请查看他们的页面并支持开发人员。

0.6.0（2020 年 4 月 9 日）

添加一项功能，使我的论文更容易工作，在 beta 系列估计后输出剩余时间序列。此版本还包含更新链接到“新”默认 travis ci .com 的更改，并确保我使用的是 sphinx 2.xx，而不是新的 3.xx

• [ENH] 添加 –return-residuals (#304) @jdkent

• [维护] 更新 travis 徽章和 pin sphinx (#305) @jdkent

0.5.0（2020 年 3 月 20 日）

此版本添加了两个实验标志：–normalize-betas 和 –no-signal-scaling。我特别不确定 –normalize-betas 与任何包含“导数”或“导数 + 分散”的 hrf 组合的行为，因为我不确定何时将 beta 估计值除以 beta 估计值的方差导出 t 统计量（即，对 beta 估计值进行归一化）。此版本还允许从 LSA 和 LSS 接口访问残差。

另一个警告：LSS 接口的残差并不那么有意义，因为我正在对正在生成的所有模型的残差进行平均。该项目还不是 1.xx 版本，因此请注意 API 的各个方面可能会迅速变化。

感谢@michaelmack 打开问题以建议新功能，感谢@PeerHerholz 的贡献！

• [ENH] 添加 –normalize-betas 选项 (#299) @jdkent

• [ENH] 添加 –no-signal-scaling 选项 (#298) @jdkent

• [ENH,FIX] 优化组合时间 + 色散导数以进行 beta 估计 (#296) @jdkent

• [ENH] 向 LSS/LSA 接口添加残差 (#294) @jdkent

• [FIX] 移除标准化参数 (#292) @jdkent

• [ENH] 允许 niftiimage 输入 (#289) @jdkent

• 修复文档中的奇异安装说明 (#288) @PeerHerholz

0.4.3（2020 年 2 月 22 日）

错误修复和增强版本。快速决定删除具有大量不稳定 beta 估计值的卷。

• [FIX] 允许 atlas 参数为 None (#283) @jdkent

• [FIX] 凹凸 nipype 版本 (#280) @jdkent

• [ENH] 审查无效卷 (#277) @jdkent

• [ENH] 允许正则表达式用于混淆规范和估算导数 (#273) @jdkent

0.4.2（2020 年 1 月 23 日）

错误修复和维护版本。

• [DOC] 强调 beta 地图分析 (#270) @jdkent

• [FIX] 允许其他空格 (#269) @jdkent

• [FIX] 不太严格的 beta 地图生成 (#262) @jdkent

• [ENH] 处理所有混淆的 NaN (#255) @jdkent

• [ENH] 改进出价索引 (#253) @jdkent

• [FIX] 允许“sub-”前缀 (#256) @jdkent

0.4.1（2019 年 12 月 16 日）

错误修复和维护版本。

• [MAINT] 重构并增加 run.py (#249) @jdkent 的测试

• [FIX] 允许灵活的衍生品位置 (#247) @jdkent

• [ENH] 找不到图像时创建有用的错误消息 (#246) @jdkent

• [MAINT] 修复 nistats 依赖 (#245) @jdkent

0.4.0（2019 年 10 月 7 日）

对于 NiBetaSeries 来说，这是忙碌的一个月。我们还有另外两种计算 beta 的方法（LSA 和 FS），并且 LSS 已经过修改以考虑不同的条件。所有这些伟大的工作都归功于@tsalo。

第二个主要变化是重构我们从 FMRIPREP 目录读取的方式，之前我们假设结果来自 fmriprep 版本 (< v1.2.0)，但现在我们只支持从 fmriprep (>= v1.2.0) 输出的文件。如果您有旧版本的 fmriprep 的结果，请查看我们的常见问题解答以获取潜在的解决方案。

第三个主要变化是引文模板的生成，因此您可以轻松地使用适当的信息填充您的方法部分。再次感谢 @tsalo 的出色贡献。

第四个也是最后一个主要变化（没有特别的顺序）是将 beta 系列图像映射直接传递到输出目录，不再需要用户拥有图集和查找表来使用 NiBetaSeries。这将允许用户使用 beta 系列图像地图进行他们希望的任何下游分析。

感谢下面提到的所有贡献者通过文档修复和其他代码更改来改进 NiBetaSeries。

@PeerHerholz 是一位默默无闻的英雄，他为 NiBetaSeries 的未来提供代码审查和有益建议，谢谢！未列出的还有 @mwvoss 用于打开问题 #123。提出一个好的问题是工作，应该得到认可，谢谢！

虽然我几乎肯定错过了感谢所有帮助过的人，但请知道我感谢您的贡献，我很感谢您抽出一些时间来帮助这个项目发展。

• [DOC] 使用模板清单更新说明 (#242) @jdkent

• [FIX] 更新代码服务器版本 (#238) @jdkent

• [DOC] 为工作流生成可引用的样板 (#205) @tsalo

• [DOC] 在演示中澄清您正在剥离颜色代码 #123 (#234) @ipacheco-uy

• [DOC] 修复文档标题 (#235) @atrievel

• [修复] 将 nano 添加到开发容器 (#233) @pranesh-sp

• [DOC] 添加 lsa 部分 (#231) @jdkent

• [DOC] 添加 joss 徽章 (#229) @zkhan12

• [ENH,DOC] 添加开发文档部分 (#222) @jdkent

• [DOC,FIX] 将假 img 和 lut 添加到参与者工作流程 (#225) @jdkent

• [ENH] 实施有限粗体响应-分离 (FS) 建模 (#204) @tsalo

• [MAINT] 允许更宽松的拉取请求 (#223) @jdkent

• [ENH] 使地图集成为可选 (#213) @jdkent

• [FIX,DOC] 为变更日志创建标题 (#221) @jdkent

• [维护] 提高 travisci 的效率 (#216) @jdkent

• [FIX] 使 codecov yaml 有效 (#220) @jdkent

• [FIX] 在 readthedocs (#219) @jdkent 上显示活页夹徽章

• [ENH,DOC] 狮身人面像画廊活页夹 (#217) @jdkent

• [MAINT] 让 codecov 更宽松 (#215) @jdkent

• [FIX] 在 collect_data 中使用 scope=derivatives (#212) @jdkent

• [FIX] 回复建议的编辑 (#206) @jdkent

• [ENH] 实施最小二乘 (LSA) 建模 (#202) @tsalo

• [TST] 添加更多测试 (#201) @jdkent

• [FIX, DOC] 将低通滤波器重命名为高通滤波器 (#198) @tsalo

• [MAINT] 显式设置 codecov 设置 (#200) @jdkent

• [ENH,FIX] 重构投标文件处理 (#193) @jdkent

• [ENH] 在 LSS 模型中分离其他条件 (#191) @tsalo

0.3.2（2019 年 9 月 4 日）

这个版本很特别，因为它将发表在开源软件期刊 (JOSS) 上。其中一个条件是论文的作者是 zenodo 文件中的唯一作者。我将为此版本修改 zenodo 文件中列出的作者，但我将在后续版本中重新添加所有贡献者。

• [MAINT] 修复 zenodo 文件

0.3.1（2019 年 9 月 4 日）

安装和文档的更改，但没有功能代码更改。

• [DOC] 地址审查意见 (#185) @jdkent

• [DOC] 将所有人添加到 zenodo 文件中的贡献者 (#188) @jdkent

• [维护] 更改安装方法 (#187) @jdkent

• [ENH] 添加代码服务器 (#182) @jdkent

• [维护] 构建标签 (#183) @jdkent

0.3.0（2019 年 8 月 29 日）

感谢 @PeerHerholz 和 @njvack 对此版本的贡献。特别感谢 @snastase 成为出色的审稿人并整体改进了项目。

• [ENH] 减少对分区的关注 (#179) @jdkent

• [FIX] 广义 -> 通用线性模型描述 (#178) @jdkent

• [DOC] 添加数学 (#177) @jdkent

• [FIX] 从活页夹 url 中删除 .git (#175) @jdkent

• [FIX] 添加 pypiwin32 作为条件依赖 (#173) @jdkent

• [FIX] 添加 readthedocs 配置文件 (#174) @jdkent

• [DOC] 文档文本的微小更改 (#163) @snastase

• [MAINT] 修复标记/推送 docker 图像 (#160) @jdkent

• [FIX] binder ci 触发器 (#159) @jdkent

• [ENH] 添加活页夹 (#158) @jdkent

• [维护] 更改安装策略 (#157) @jdkent

• [DOC] 澄清文档 (#156) @jdkent

• [FIX] 命令行参数只有连字符 (#155) @jdkent

• [DOC] 添加 nib 的具体示例 (#154) @jdkent

• [DOC] 添加引用 (#153) @jdkent

• [维护] 在 circleci (#152) @jdkent 上构建文档

• [MAINT] 临时修复 dockerfile (#150) @jdkent

• [维护] 需要 python3 (#147) @jdkent

• [ENH] 添加可视化 (#148) @jdkent

• [ENH] 添加 Docker 和 Singularity 支持 (#140) @PeerHerholz

• [DOC] 编辑文档 (#142) @jdkent

• [DOC] 对 README (#141) @njvack 的微小调整

• [WIP] JOSS 论文 (#122) @jdkent

0.2.3（2019 年 1 月 29 日）

各种文档和测试更改。我们将继续使用 readthedocs 而不是 doctr。

• [修复] 从文档中删除 high_pass 引用 (#90) @RaginSagan

• [修复] 更新 betaseries.rst (#91) @ilkayisik

• [ENH] 自动生成测试数据 (#93) @jdkent

• [FIX] 将 codecov 添加回测试 (#94) @jdkent

• [FIX] 重构依赖项 (#95) @jdkent

• [ENH] 添加示例 (#99) @jdkent

• [FIX] 第一次配置 doctr (#100) @jdkent

• [FIX] 配置 doctr (#101) @jdkent

• [FIX] 带有文档的跟踪版本 (#102) @jdkent

• [ENH] 添加 sphinx 版本控制 (#104) @jdkent

• [FIX] 第一次通过简化示例 (#106) @jdkent

• [FIX] 将 master 添加回文档 (#107) @jdkent

• [维护] 使用 readthedocs (#109) @jdkent

• [DOC] 添加显式下载指令 (#112) @jdkent

• [FIX] 添加 graphviz 作为构建文档的依赖项 (#115) @jdkent

• [FIX] 删除冗余/不相关的文档构建选项 (#116) @jdkent

• [DOC] 修复文档中的链接 (#114) @PeerHerholz

• [FIX,MAINT] rm 3.4 并测试添加 3.7 (#121) @jdkent

• [修复] pybids 链接 (#120) @PeerHerholz

• [修复] 语法链接 (#119) @PeerHerholz

0.2.2（2018 年 11 月 15 日）

快速错误修复，与将 nipype 依赖项更新到较新版本（1.1.5）有关

• [ENH] 添加 nthreads 选项并将 multiproc 设为默认值 (#81) @jdkent

• [FIX] 在 hrf_models (#83) @jdkent 中添加缺少的逗号

0.2.1（2018 年 11 月 13 日）

非常感谢 neurohackademy 帮助实现这一目标的每个人。这个版本还为时过早，因为我正在测试我的发布工作流程。

• [ENH] 添加 Zenodo DOI 链接 (#57) @kdestasio

• [ENH] 运行 versioneer 安装 (#60) @jdkent

• [FIX] 连接衍生输出 (#61) @jdkent

• [修复] 添加 CODEOWNERS 文件 (#63) @jdkent

• [FIX] 修复拉取请求模板 (#65) @kristianeschenburg

• [ENH] 更新 CONTRIBUTING.rst (#66) @PeerHerholz

• [FIX] 忽略布局中的 sourcedata 和派生目录 (#69) @jdkent

• [DOC] 添加 zenodo 文件 (#70) @ctoroserey

• [FIX] 文件逻辑 (#71) @jdkent

• [FIX] 混淆删除 (#72) @jdkent

• [修复] 查找元数据 (#74) @jdkent

• [FIX] 真实数据集的各种修复 (#75) @jdkent

• [ENH] 允许没有混淆 (#76) @jdkent

• [ENH] 重写文档 (#77) @jdkent

• [TST] 添加更多测试 (#78) @jdkent

• [MGT] 简化和创建部署 (#79) @jdkent

0.2.0（2018 年 11 月 13 日）

• [MGT] 简化和创建部署 (#79)

• [TST] 添加更多测试 (#78)

• [ENH] 重写文档 (#77)

• [ENH] 允许没有混淆 (#76)

• [FIX] 对真实数据集的各种修复 (#75)

• [修复] 查找元数据 (#74)

• [FIX] 混淆移除 (#72)

• [WIP,FIX]: 文件逻辑 (#71)

• [DOC] 添加 zenodo 文件 (#70)

• [FIX] 忽略布局中的 sourcedata 和衍生目录 (#69)

• [DOC] 更新 CONTRIBUTING.rst (#66)

• [FIX] 修复拉取请求模板 (#65)

• [修复] 添加 CODEOWNERS 文件 (#63)

• [FIX] 连接衍生输出 (#61)

• [维护] 运行 versioneer 安装 (#60)

• [FIX] 修复问题 #29：添加 Zenodo DOI 链接 (#57)

• [FIX] 修复问题 #45：标签颜色一致 (#56)

• [DOC] 修复 readme.rst 中的链接 (#55)

• [DOC] 添加行为准则 (#53)

• [DOC] 在 README (#52) 中添加贡献链接

• [DOC] 删除了拉取请求模板的确认部分 (#50)

• [TST] 添加功能测试 (#49)

• [FIX] 删除对引导程序的引用 (#48)

• [FIX] 测试删除基础 .travis.yml (#47)

• [ENH] 删除数据目录 (#40)

• [ENH] 添加拉取请求模板 (#41)

• [ENH] 更新问题模板 (#44)

• [DOC] 更新贡献（#43）

• [DOC] 自述文件（牛肉在哪里？）（#37）

• [维护] 将 jdkent 更改为 HBClab (#38)

• [修复] 通过测试 (#14)

• [ENH] 改进文档 (#13)

• [DOC] 添加文档 (#11)

• [FIX] 添加图表 (#10)

• [ENH] 重构 NiBetaSeries (#9)

• [ENH] 重构 (#2)

0.1.0（2018 年 6 月 8 日）

• PyPI 上的第一个版本。