在 Nipype 中实现的 BetaSeries 相关性
项目描述
NiBeta系列
如果您在 GitHub 上查看此文件,请参阅我们的 readthedocs 页面 以获取正确呈现的链接。
NiBeta系列是什么?
NiBetaSeries 是与BIDS兼容的应用程序 ,用于计算 betaseries 相关性。简而言之,为每个试验(或事件)计算一个 beta 系数(即参数估计),从而产生一系列可以跨感兴趣区域相关的 beta(“betaseries”)。
我为什么要使用它?
您的任务 fMRI 数据中隐藏着潜在的见解。Rest fMRI 拥有众多工具箱,可以通过一些努力将其应用于任务 fMRI,但专注于制作 betaseries 的工具箱并不多。然后,Betaseries 可用于相关性/分类和大量其他分析。虽然存在一些替代方案(pybetaseries和BASCO),但 NiBetaSeries 是唯一与BIDS组织数据交互的应用程序,其目标是提供像fMRIPrep这样的命令行应用程序体验。
NiBetaSeries 给了我什么?
目前 NiBetaSeries 返回 beta 系列图像和可选的对称 z 变换相关矩阵,其中包含在地图集中定义的每个宗地的条目。
运行 NiBetaSeries 需要什么?
NiBetaSeries 将BIDS和预处理数据作为满足 BIDS 衍生规范的输入。实际上,NiBetaSeries 使用 fMRIPrep 的输出,这是一个出色的 BIDS 兼容预处理工具。NiBetaSeries 要求输入和图集已经在同一个空间(例如,MNI 空间)中。有关更多详细信息,请参阅用法和教程 (sphx_glr_auto_examples_plot_run_nibetaseries.py)
参与其中
这是一个非常年轻的项目,仍然需要一些温柔的关爱才能成长。那就是你适合的地方!如果您想投稿,请阅读我们的 code_of_conduct 和投稿页面(投稿)。
谢谢!
变更日志
0.6.0(2020 年 4 月 9 日)
添加一项功能,使我的论文更容易工作,在 beta 系列估计后输出剩余时间序列。此版本还包含更新链接到“新”默认 travis ci .com 的更改,并确保我使用的是 sphinx 2.xx,而不是新的 3.xx
[ENH] 添加 –return-residuals (#304) @jdkent
[维护] 更新 travis 徽章和 pin sphinx (#305) @jdkent
0.5.0(2020 年 3 月 20 日)
此版本添加了两个实验标志:–normalize-betas 和 –no-signal-scaling。我特别不确定 –normalize-betas 与任何包含“导数”或“导数 + 分散”的 hrf 组合的行为,因为我不确定何时将 beta 估计值除以 beta 估计值的方差导出 t 统计量(即,对 beta 估计值进行归一化)。此版本还允许从 LSA 和 LSS 接口访问残差。
另一个警告:LSS 接口的残差并不那么有意义,因为我正在对正在生成的所有模型的残差进行平均。该项目还不是 1.xx 版本,因此请注意 API 的各个方面可能会迅速变化。
感谢@michaelmack 打开问题以建议新功能,感谢@PeerHerholz 的贡献!
[ENH] 添加 –normalize-betas 选项 (#299) @jdkent
[ENH] 添加 –no-signal-scaling 选项 (#298) @jdkent
[ENH,FIX] 优化组合时间 + 色散导数以进行 beta 估计 (#296) @jdkent
[ENH] 向 LSS/LSA 接口添加残差 (#294) @jdkent
[FIX] 移除标准化参数 (#292) @jdkent
[ENH] 允许 niftiimage 输入 (#289) @jdkent
修复文档中的奇异安装说明 (#288) @PeerHerholz
0.4.3(2020 年 2 月 22 日)
错误修复和增强版本。快速决定删除具有大量不稳定 beta 估计值的卷。
[FIX] 允许 atlas 参数为 None (#283) @jdkent
[FIX] 凹凸 nipype 版本 (#280) @jdkent
[ENH] 审查无效卷 (#277) @jdkent
[ENH] 允许正则表达式用于混淆规范和估算导数 (#273) @jdkent
0.4.2(2020 年 1 月 23 日)
错误修复和维护版本。
[DOC] 强调 beta 地图分析 (#270) @jdkent
[FIX] 允许其他空格 (#269) @jdkent
[FIX] 不太严格的 beta 地图生成 (#262) @jdkent
[ENH] 处理所有混淆的 NaN (#255) @jdkent
[ENH] 改进出价索引 (#253) @jdkent
[FIX] 允许“sub-”前缀 (#256) @jdkent
0.4.1(2019 年 12 月 16 日)
错误修复和维护版本。
[MAINT] 重构并增加 run.py (#249) @jdkent 的测试
[FIX] 允许灵活的衍生品位置 (#247) @jdkent
[ENH] 找不到图像时创建有用的错误消息 (#246) @jdkent
[MAINT] 修复 nistats 依赖 (#245) @jdkent
0.4.0(2019 年 10 月 7 日)
对于 NiBetaSeries 来说,这是忙碌的一个月。我们还有另外两种计算 beta 的方法(LSA 和 FS),并且 LSS 已经过修改以考虑不同的条件。所有这些伟大的工作都归功于@tsalo。
第二个主要变化是重构我们从 FMRIPREP 目录读取的方式,之前我们假设结果来自 fmriprep 版本 (< v1.2.0),但现在我们只支持从 fmriprep (>= v1.2.0) 输出的文件。如果您有旧版本的 fmriprep 的结果,请查看我们的常见问题解答以获取潜在的解决方案。
第三个主要变化是引文模板的生成,因此您可以轻松地使用适当的信息填充您的方法部分。再次感谢 @tsalo 的出色贡献。
第四个也是最后一个主要变化(没有特别的顺序)是将 beta 系列图像映射直接传递到输出目录,不再需要用户拥有图集和查找表来使用 NiBetaSeries。这将允许用户使用 beta 系列图像地图进行他们希望的任何下游分析。
感谢下面提到的所有贡献者通过文档修复和其他代码更改来改进 NiBetaSeries。
@PeerHerholz 是一位默默无闻的英雄,他为 NiBetaSeries 的未来提供代码审查和有益建议,谢谢!未列出的还有 @mwvoss 用于打开问题 #123。提出一个好的问题是工作,应该得到认可,谢谢!
虽然我几乎肯定错过了感谢所有帮助过的人,但请知道我感谢您的贡献,我很感谢您抽出一些时间来帮助这个项目发展。
[DOC] 使用模板清单更新说明 (#242) @jdkent
[FIX] 更新代码服务器版本 (#238) @jdkent
[DOC] 为工作流生成可引用的样板 (#205) @tsalo
[DOC] 在演示中澄清您正在剥离颜色代码 #123 (#234) @ipacheco-uy
[DOC] 修复文档标题 (#235) @atrievel
[修复] 将 nano 添加到开发容器 (#233) @pranesh-sp
[DOC] 添加 lsa 部分 (#231) @jdkent
[DOC] 添加 joss 徽章 (#229) @zkhan12
[ENH,DOC] 添加开发文档部分 (#222) @jdkent
[DOC,FIX] 将假 img 和 lut 添加到参与者工作流程 (#225) @jdkent
[ENH] 实施有限粗体响应-分离 (FS) 建模 (#204) @tsalo
[MAINT] 允许更宽松的拉取请求 (#223) @jdkent
[ENH] 使地图集成为可选 (#213) @jdkent
[FIX,DOC] 为变更日志创建标题 (#221) @jdkent
[维护] 提高 travisci 的效率 (#216) @jdkent
[FIX] 使 codecov yaml 有效 (#220) @jdkent
[FIX] 在 readthedocs (#219) @jdkent 上显示活页夹徽章
[ENH,DOC] 狮身人面像画廊活页夹 (#217) @jdkent
[MAINT] 让 codecov 更宽松 (#215) @jdkent
[FIX] 在 collect_data 中使用 scope=derivatives (#212) @jdkent
[FIX] 回复建议的编辑 (#206) @jdkent
[ENH] 实施最小二乘 (LSA) 建模 (#202) @tsalo
[TST] 添加更多测试 (#201) @jdkent
[FIX, DOC] 将低通滤波器重命名为高通滤波器 (#198) @tsalo
[MAINT] 显式设置 codecov 设置 (#200) @jdkent
[ENH,FIX] 重构投标文件处理 (#193) @jdkent
[ENH] 在 LSS 模型中分离其他条件 (#191) @tsalo
0.3.2(2019 年 9 月 4 日)
这个版本很特别,因为它将发表在开源软件期刊 (JOSS) 上。其中一个条件是论文的作者是 zenodo 文件中的唯一作者。我将为此版本修改 zenodo 文件中列出的作者,但我将在后续版本中重新添加所有贡献者。
[MAINT] 修复 zenodo 文件
0.3.1(2019 年 9 月 4 日)
安装和文档的更改,但没有功能代码更改。
[DOC] 地址审查意见 (#185) @jdkent
[DOC] 将所有人添加到 zenodo 文件中的贡献者 (#188) @jdkent
[维护] 更改安装方法 (#187) @jdkent
[ENH] 添加代码服务器 (#182) @jdkent
[维护] 构建标签 (#183) @jdkent
0.3.0(2019 年 8 月 29 日)
感谢 @PeerHerholz 和 @njvack 对此版本的贡献。特别感谢 @snastase 成为出色的审稿人并整体改进了项目。
[ENH] 减少对分区的关注 (#179) @jdkent
[FIX] 广义 -> 通用线性模型描述 (#178) @jdkent
[DOC] 添加数学 (#177) @jdkent
[FIX] 从活页夹 url 中删除 .git (#175) @jdkent
[FIX] 添加 pypiwin32 作为条件依赖 (#173) @jdkent
[FIX] 添加 readthedocs 配置文件 (#174) @jdkent
[DOC] 文档文本的微小更改 (#163) @snastase
[MAINT] 修复标记/推送 docker 图像 (#160) @jdkent
[FIX] binder ci 触发器 (#159) @jdkent
[ENH] 添加活页夹 (#158) @jdkent
[维护] 更改安装策略 (#157) @jdkent
[DOC] 澄清文档 (#156) @jdkent
[FIX] 命令行参数只有连字符 (#155) @jdkent
[DOC] 添加 nib 的具体示例 (#154) @jdkent
[DOC] 添加引用 (#153) @jdkent
[维护] 在 circleci (#152) @jdkent 上构建文档
[MAINT] 临时修复 dockerfile (#150) @jdkent
[维护] 需要 python3 (#147) @jdkent
[ENH] 添加可视化 (#148) @jdkent
[ENH] 添加 Docker 和 Singularity 支持 (#140) @PeerHerholz
[DOC] 编辑文档 (#142) @jdkent
[DOC] 对 README (#141) @njvack 的微小调整
[WIP] JOSS 论文 (#122) @jdkent
0.2.3(2019 年 1 月 29 日)
各种文档和测试更改。我们将继续使用 readthedocs 而不是 doctr。
[修复] 从文档中删除 high_pass 引用 (#90) @RaginSagan
[修复] 更新 betaseries.rst (#91) @ilkayisik
[ENH] 自动生成测试数据 (#93) @jdkent
[FIX] 将 codecov 添加回测试 (#94) @jdkent
[FIX] 重构依赖项 (#95) @jdkent
[ENH] 添加示例 (#99) @jdkent
[FIX] 第一次配置 doctr (#100) @jdkent
[FIX] 配置 doctr (#101) @jdkent
[FIX] 带有文档的跟踪版本 (#102) @jdkent
[ENH] 添加 sphinx 版本控制 (#104) @jdkent
[FIX] 第一次通过简化示例 (#106) @jdkent
[FIX] 将 master 添加回文档 (#107) @jdkent
[维护] 使用 readthedocs (#109) @jdkent
[DOC] 添加显式下载指令 (#112) @jdkent
[FIX] 添加 graphviz 作为构建文档的依赖项 (#115) @jdkent
[FIX] 删除冗余/不相关的文档构建选项 (#116) @jdkent
[DOC] 修复文档中的链接 (#114) @PeerHerholz
[FIX,MAINT] rm 3.4 并测试添加 3.7 (#121) @jdkent
[修复] pybids 链接 (#120) @PeerHerholz
[修复] 语法链接 (#119) @PeerHerholz
0.2.2(2018 年 11 月 15 日)
快速错误修复,与将 nipype 依赖项更新到较新版本(1.1.5)有关
[ENH] 添加 nthreads 选项并将 multiproc 设为默认值 (#81) @jdkent
[FIX] 在 hrf_models (#83) @jdkent 中添加缺少的逗号
0.2.1(2018 年 11 月 13 日)
非常感谢 neurohackademy 帮助实现这一目标的每个人。这个版本还为时过早,因为我正在测试我的发布工作流程。
[ENH] 添加 Zenodo DOI 链接 (#57) @kdestasio
[ENH] 运行 versioneer 安装 (#60) @jdkent
[FIX] 连接衍生输出 (#61) @jdkent
[修复] 添加 CODEOWNERS 文件 (#63) @jdkent
[FIX] 修复拉取请求模板 (#65) @kristianeschenburg
[ENH] 更新 CONTRIBUTING.rst (#66) @PeerHerholz
[FIX] 忽略布局中的 sourcedata 和派生目录 (#69) @jdkent
[DOC] 添加 zenodo 文件 (#70) @ctoroserey
[FIX] 文件逻辑 (#71) @jdkent
[FIX] 混淆删除 (#72) @jdkent
[修复] 查找元数据 (#74) @jdkent
[FIX] 真实数据集的各种修复 (#75) @jdkent
[ENH] 允许没有混淆 (#76) @jdkent
[ENH] 重写文档 (#77) @jdkent
[TST] 添加更多测试 (#78) @jdkent
[MGT] 简化和创建部署 (#79) @jdkent
0.2.0(2018 年 11 月 13 日)
[MGT] 简化和创建部署 (#79)
[TST] 添加更多测试 (#78)
[ENH] 重写文档 (#77)
[ENH] 允许没有混淆 (#76)
[FIX] 对真实数据集的各种修复 (#75)
[修复] 查找元数据 (#74)
[FIX] 混淆移除 (#72)
[WIP,FIX]: 文件逻辑 (#71)
[DOC] 添加 zenodo 文件 (#70)
[FIX] 忽略布局中的 sourcedata 和衍生目录 (#69)
[DOC] 更新 CONTRIBUTING.rst (#66)
[FIX] 修复拉取请求模板 (#65)
[修复] 添加 CODEOWNERS 文件 (#63)
[FIX] 连接衍生输出 (#61)
[维护] 运行 versioneer 安装 (#60)
[FIX] 修复问题 #29:添加 Zenodo DOI 链接 (#57)
[FIX] 修复问题 #45:标签颜色一致 (#56)
[DOC] 修复 readme.rst 中的链接 (#55)
[DOC] 添加行为准则 (#53)
[DOC] 在 README (#52) 中添加贡献链接
[DOC] 删除了拉取请求模板的确认部分 (#50)
[TST] 添加功能测试 (#49)
[FIX] 删除对引导程序的引用 (#48)
[FIX] 测试删除基础 .travis.yml (#47)
[ENH] 删除数据目录 (#40)
[ENH] 添加拉取请求模板 (#41)
[ENH] 更新问题模板 (#44)
[DOC] 更新贡献(#43)
[DOC] 自述文件(牛肉在哪里?)(#37)
[维护] 将 jdkent 更改为 HBClab (#38)
[修复] 通过测试 (#14)
[ENH] 改进文档 (#13)
[DOC] 添加文档 (#11)
[FIX] 添加图表 (#10)
[ENH] 重构 NiBetaSeries (#9)
[ENH] 重构 (#2)
0.1.0(2018 年 6 月 8 日)
PyPI 上的第一个版本。
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源分布
内置分布
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算法 | 哈希摘要 | |
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nibetaseries -0.6.0-py3-none-any.whl 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
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SHA256 | 91aef65167511a16d02cd6c69b6f6b96e8dcfd63dfa645006cbef3c6db06f5e4 |
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