分子生物学家设计改良分子信标的工具，该工具适用于核酸标记检测的核酸外切酶 III 辅助目标回收策略。
项目描述
由 ExonucleaseIII RecYcling 驱动的分子信标。
Molbery是一个基于 python 的工具，可识别 29mer 探针，其中茎中有 7 个碱基，环中有 8 个碱基，fasta 序列中有 7 个突出碱基。这是基于 Zuo、Xiaolei 等人开发的方法。[Ref1]描述了一种用于核酸特征扩增的 Exo III 辅助目标回收方法。它使用 Howley、Peter M. 等人建议的公式。[Ref2]用于计算探针的熔解温度。除了 GC 含量和 Tm 等一般标准外，探针序列的特性还有一些特殊考虑，据报道是最佳的。更多信息将在该工具在科学期刊上发表后提供。
特征
最新版本包括：
支持 Fasta 和多 Fasta 格式
手动指定 GC 含量、Tm 范围和盐浓度。
重构文本输出
BLAST 连接并行执行
兼容性
Molbery 是一个跨平台工具，可在 Windows、Linux 和 OS X 上运行，具有最新和主要版本的 python 2 和 3。
执照
Molbery 是一个开源工具，可在 OSI 批准的 MIT 许可下使用。
版权所有 (c) 2016 Bhagya CT
版权所有 (c) 2016 Manu S
请在此处阅读许可内容。
安装
Molbery 所需的所有 Python 包都将使用pip安装。
在 Windows 中以管理员权限运行 cmd。
> pip install molbery在 Linux 和 OS X 中使用 sudo 权限运行命令。
$ sudo pip install molbery您可以手动下载 Molbery 存储库或直接克隆它。
$ git clone https://github.com/bhagya-ct/molbery
用法
成功安装后，请参阅所有可用选项的命令帮助。
$ molbery --help对于单个 FASTA 输入运行
$ molbery <path_to_fasta> --blast --out <output> -g <GC_min> -c <GC_max> -t <Tm_min> -m <Tm_max> -s <salt_conc_in_molar_units>对于多 FASTA 输入运行（不能为多个 seq 指定输出。默认是多 FASTA 中存在的序列 ID）
$ molbery <path_to_fasta> --blast --multi -g <GC_min> -c <GC_max> -t <Tm_min> -m <Tm_max> -s <salt_conc_in_molar_units>
样本输出
序列 ID - <gid_of_sequence>
探测 |
Molberys (29mer 探针) |
GC （％） |
温度 (C) |
茎 Tm (C) |
循环 Tm (C) |
|---|---|---|---|---|---|
1 |
ACCGTAGAGCTACGACTACGGTACATTAC |
48.28 |
69.9 |
22 |
24 |
2 |
AGTCGTATGCATACGTACGACTAAGCTAC |
44.83 |
68.9 |
20 |
24 |
3 |
ACTTTTCGTGCTGAAGAAAAGTGAAAGCG |
41.38 |
66.9 |
18 |
24 |
4 |
AGCTTAGACGTACGACTAAGCTACGACTA |
44.83 |
68.9 |
20 |
24 |
5 |
AGATTCGAAGCGAACCGAATCTGCATACG |
48.28 |
69.9 |
20 |
24 |
注意：Blast 输出被写入 <Output>_blast_results/ 文件夹，每个探针都有单独的文本文件。
源代码
Molbery 的源代码可用
学分
感谢 Pythonistas 提供了一些出色的插件模块和库，它们节省了大量的咖啡因和代码！
常见问题
Q1) 找不到 pip 命令？
答。您可能没有最新版本的 Python。更新 Python 或安装pip。
Q2) 安装成功但找不到molbery命令？
答。安装时您不会授予管理员或 sudo 权限。运行 $ pip uninstall molbery 并使用管理员或 sudo 权限重新安装。
错误
如果您在 molbery (pypi) 中发现错误，请尝试使用最新的 python 2.7 和 3.5 重现它。
如果问题仍然存在，请在存储库页面的 github 问题跟踪系统中提交错误。如有问题、疑难解答和请求，请随时通过bhagyathimmappa @ gmail与我们联系。com或smanu @ ibab 。交流。在
参考
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