大分子对接框架
项目描述
1. 概要
LightDock是一个基于萤火虫群优化(GSO) 算法的蛋白质-蛋白质、蛋白质-肽和蛋白质-DNA 对接框架。
LightDock 框架的通用性很强，有很多选项可供用户进一步开发和优化：它可以接受任何用户定义的评分函数，可以使用局部无梯度最小化，模拟可以从一开始就受到约束，专注于用户指定的相互作用区域，它支持受体和配体伙伴中的残基限制。
2. 参考
LightDock 协议和利用残留限制的更新已发表在牛津生物信息学杂志上。如果您在研究中使用 LightDock，请引用这些参考资料：
LightDock：蛋白质-蛋白质对接的一种新的多尺度方法
Brian Jiménez-García、Jorge Roel-Touris、Miguel Romero-Durana、Miquel Vidal、Daniel Jiménez-González 和 Juan Fernández-Recio
生物信息学，第 34 卷，第 1 期，1 月 1 日2018，第 49-55 页，https: //doi.org/10.1093/bioinformatics/btx555
LightDock 采用信息驱动型
Jorge Roel-Touris、Alexandre MJJ Bonvin、Brian Jiménez-García
生物信息学、btz642；doi：https ://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz642
膜相关蛋白组装体的综合建模
Jorge Roel-Touris、Brian Jiménez-García和 Alexandre MJJ Bonvin
Nat Commun 11 , 6210 (2020); doi：https ://doi.org/10.1038/s41467-020-20076-5
3.安装
Lightdock 软件是兼容的，并且已经通过以下操作系统进行了测试：
- macOS：El Capitan、Sierra、High Sierra、Mojave、Catalina。
- GNU/Linux：Ubuntu 16+、Debian Stretch+、Scientific Linux 6+、CentOS 6+。
- 100% 兼容谷歌 Colab 平台
Microsoft Windows 不受官方支持，尽管该协议的许多部分可能能够运行。请自行承担使用风险。如果您希望贡献测试和开发 LightDock for Windows，请联系我们。
3.1。依赖项
LightDock 具有以下依赖项：
- NumPy ( http://www.numpy.org/ )
- Scipy ( http://www.scipy.org/ )
- Cython ( http://cython.org/ )
- ProDy ( http://prody.csb.pitt.edu/ )
- Freesasa ( http://freesasa.github.io/ )
可选依赖项是：
- MPI4py（如果您打算使用 MPI 支持，http ://pythonhosted.org/mpi4py/ ）
3.2. 安装 LightDock
安装 LightDock 的最快方法是使用pip：
pip install lightdock
4. 发展
要开发和扩展 LightDock 代码，请遵循以下说明：
4.1。克隆
克隆此存储库：
git clone https://github.com/lightdock/lightdock.git
4.2. 编译 Python C 和 Cython 扩展
请确保已安装依赖项（通过 pip、包管理器等）：
- numpy>=1.17.1
- scipy>=1.3.1
- 赛通>=0.29.13
- prody>=1.10.11
- freesasa>=2.0.3
建议创建虚拟环境并安装：
virtualenv venv
source venv/bin/activate
cd lightdock
pip install -e .
如果不使用 pip 或 setuptools 进行开发，可以使用 bash 脚本来编译所有扩展：
cd lightdock
./setup.sh
4.3. 将 Lightdock 添加到您的路径
将以下行添加到您的~/.bashrc文件中，不要忘记更改/path/to/lightdock：
# LightDock
export LIGHTDOCK_HOME="/path/to/lightdock"
export PATH=$PATH:$LIGHTDOCK_HOME/bin
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$LIGHTDOCK_HOME
不要忘记应用更改：
source ~/.bashrc
4.4. 测试
您可以运行 LightDock 测试：
cd lightdock
nosetests
5. 文件
有关如何运行 LightDock 协议的完整文档以及一些教程和用例可以在https://lightdock.org/tutorials找到。
6. 获得帮助
LightDock 正在积极开发中，可能会出现一些问题，或者您可能需要额外的帮助来运行 LightDock。在这些情况下，有两种主要方式可以获得帮助：
- 如果您的问题已被报告，请阅读常见问题解答
- 在此存储库中打开一个新问题
- 或写邮件至lightdocking@gmail.com（我们会尽快回复您的问题）
7. 许可证
LightDock 在 GPLv3 许可下可用。有关更多详细信息，请参阅许可证文档。
lightdock -0.9.3-cp38-cp38-macosx_10_15_x86_64.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 6eedaf8ff94d14c120b44099e6c73acbd43da0b61f27ddc6d28c0e4288eeab9d |
|
| MD5 | 3309a7ffe812a55c8fe120fc1f57d9f2 |
|
| 布莱克2-256 | aed987207cb85eb80c8f47f85eb2ec5a1e62245064bc88a43a9ebd159916d567 |