围绕 kallisto 的 Python 包装器 | 用于 scRNA-seq 分析的总线工具
项目描述
KB-蟒蛇
kb-python 是一个包装了kallisto |的 python 包。bustools单细胞 RNA-seq 工作流程 [2]。它由 Kyung Hoi (Joseph) Min 和 A. Sina Booeshaghi 开发。
包装器简化了 kallisto [1] 和 bustools [2] 程序的下载和运行。它的灵感来自 Sten Linnarsson 的loompy fromfq命令 ( http://linnarssonlab.org/loompy/kallisto/index.html )
该kb计划由两部分组成：
该kb ref命令为读取的伪对齐构建或下载特定于物种的索引。此命令必须在 之前运行kb count，并且它运行kallisto index[1]。
该kb count命令运行 kallisto [1] 和 bustools [2] 程序。它可用于对来自各种单细胞 RNA-seq 技术的数据进行预处理，以及用于许多不同的工作流程（例如，基因计数矩阵的生成、RNA 速度分析等）。输出可以保存为多种格式，包括 mtx 和 loom。
如果您使用kb我们要求您引用以下两篇论文：
[1] Bray, NL, Pimentel, H., Melsted, P., & Pachter, L. (2016)。近乎最优的概率 RNA-seq 量化。自然生物技术，34（5），525。
[2] Melsted, P., Booeshaghi, AS, Liu, L., Gao, F., Lu, L., Min, KH, da Veiga Beltrame, E., Hjorleifsson, KE, Gehring, J., & Pachter,湖（2021）。单细胞 RNA-seq 的模块化和高效预处理。自然生物技术。
先决条件
没有任何。软件包中包含 kallisto 和 bustools 二进制文件。
文档
- 用户文档和教程可在此处获得。
- 开发人员文档托管在Read the Docs上。
