用于交叉和可视化多个基因或基因组区域集的工具
项目描述
干预
用于交叉和可视化多个基因或基因组区域集的工具
文档
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</figure>
安装
使用 Conda 快速安装
conda install -c bioconda intervene这将安装所有依赖项，您就可以使用 Intervene。
使用pip安装
您可以使用 pip 从 PyPi 安装 Intervene。
从 PyPi 安装：
pip install intervene
注意：如果您使用 pip 安装，请确保安装下面列出的 BEDTools 和 R 包。
干预需要以下 Python 模块和 R 包：
Python (=> 3.3 ): https://www.python.org/
BedTools（最新版本）：https ://github.com/arq5x/bedtools2
pybedtools (>= 0.7.9): https://daler.github.io/pybedtools/
熊猫（>= 0.16.0）：http ://pandas.pydata.org/
Seaborn (>= 0.7.1): http://seaborn.pydata.org/
R (>= 3.0): https://www.r-project.org/
R 包，包括 UpSetR (v1.4.0)、corrplot
安装 BEDTools
我们正在使用 pybedtools，它是 BEDTools 的 Python 包装器。因此，应在使用 Intervene 之前安装 BEDTools。建议安装最新版本，但如果您已经安装了旧版本，应该没问题。
快速安装，如果您安装了 conda。
conda install -c bioconda bedtools请阅读https://github.com/arq5x/bedtools2上的说明以安装 BEDTools，并确保它在您的路径上，并且您可以从任何目录调用 bedtools。
安装所需的 R 包
干预需要三个 R 包，UpSetR、用于可视化的 corrplot 和Cairo以生成高质量的矢量和位图图形。
install.packages(c(<s>"UpSetR"</s>, <s>"corrplot"</s>, <s>"Cairo"</s>))从源代码安装干预
您可以使用GitHub 或 Bitbucket中的git安装开发版本。
从Bitbucket安装开发版本
如果您安装了git，请使用以下命令：
git clone https://bitbucket.org/CBGR/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install从GitHub安装开发版本
如果您安装了git，请使用以下命令：
git clone https://github.com/asntech/intervene.git
cd intervene
python setup.py sdist install如何使用干预
安装 Intervene 后，您可以键入：
intervene --help这将显示以下帮助消息。
usage: intervene <subcommand> [options]
positional arguments <subcommand>:
{venn,upset,pairwise}
List of subcommands
venn Venn diagram of intersection of genomic regions or list sets (upto 6-way).
upset UpSet diagram of intersection of genomic regions or list sets.
pairwise Pairwise intersection and heatmap of N genomic region sets in <BED/GTF/GFF> format.
optional arguments:
-h, --help show this help message and exit
-v, --version show program's version number and exit查看pairwise、venn和upt类型的三个子命令的帮助：
intervene pairwise --help
intervene venn --help
intervene upset --help对测试数据运行干预
要使用示例数据运行 Intervene，请使用以下命令。要访问测试数据，请确保您具有sudo或root访问权限。
intervene pairwise --test
intervene venn --test
intervene upset --test如果您已经从源代码本地安装了 Intervene，您可能无法找到测试数据。您可以在此处下载测试数据https://github.com/asntech/intervene/tree/master/intervene/example_data并使用-i而不是--test指向它。
./intervene/intervene venn -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/*.bed
./intervene/intervene upset -i intervene/example_data/ENCODE_hESC/*.bed
./intervene/intervene pairwise -i intervene/example_data/dbSUPER_mm9/*.bed以上三个测试命令会生成以下三个图形（a、b、c）。
<figure class="align-left">
</figure>
默认情况下，您的结果将存储在当前工作目录中，并带有一个名为Intervene_results的文件夹。如果您希望将结果保存在特定文件夹中，您可以键入：
intervene upset --test --output ~/path/to/your/folder
交互式闪亮应用
Intervene Shiny App 可在https://asntech.shinyapps.io/intervene或https://intervene.shinyapps.io/intervene免费获得
Shiny 应用程序的源代码可在https://github.com/asntech/intervene-shiny获得
支持
如果您有任何问题，或在程序中发现任何错误，请通过aziz.khan[at]ncmm.uio.no写信给我们
引用我们
如果您使用 Intervene，请引用我们：Khan A，Mathelier A. Intervene：用于交叉和可视化多个基因或基因组区域集的工具。BMC 生物信息学。2017；18:287。doi: 10.1186/s12859-017-1708-7
