通用仿真数据文件格式。
项目描述
GSD
GSD文件格式是HOOMD-blue的原生文件格式。 GSD文件将HOOMD-blue系统状态的轨迹存储在一个二进制文件中，可以有效地随机访问帧。GSD允许所有粒子和拓扑属性从一帧到下一帧变化。使用GSD Python API 指定HOOMD-blue模拟的初始条件或使用脚本分析轨迹输出。使用可视化工具读取 GSD轨迹以探索模拟行为。
资源
- GSD 文档：教程、Python API、C API、使用信息和格式规范。
- 安装指南：安装和编译GSD的说明。
- HOOMD-blue : 读取和写入GSD文件的模拟引擎。
- hoomd-users Google Group：向HOOMD-blue社区提问。
- freud：一套强大的分析轨迹的工具。
- OVITO：开放式可视化工具适用于GSD文件。
- gsd-vmd 插件：支持GSD文件的 VMD 插件。
HOOMD 示例
创建一个 hoomd gsd 文件。
>>> s = gsd.hoomd.Snapshot()
>>> s.particles.N = 4
>>> s.particles.types = ['A', 'B']
>>> s.particles.typeid = [0,0,1,1]
>>> s.particles.position = [[0,0,0],[1,1,1], [-1,-1,-1], [1,-1,-1]]
>>> s.configuration.box = [3, 3, 3, 0, 0, 0]
>>> traj = gsd.hoomd.open(name='test.gsd', mode='wb')
>>> traj.append(s)
将帧附加到 gsd 文件：
>>> def create_frame(i):
... s = gsd.hoomd.Snapshot();
... s.configuration.step = i;
... s.particles.N = 4+i;
... s.particles.position = numpy.random.random(size=(4+i,3))
... return s;
>>> with gsd.hoomd.open('test.gsd', 'ab') as t:
... t.extend( (create_frame(i) for i in range(10)) )
... print(len(t))
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随机索引帧：
>>> with gsd.hoomd.open('test.gsd', 'rb') as t:
... snap = t[5]
... print(snap.configuration.step)
4
... print(snap.particles.N)
8
... print(snap.particles.position)
[[ 0.56993282 0.42243481 0.5502916 ]
[ 0.36892486 0.38167036 0.27310368]
[ 0.04739023 0.13603486 0.196539 ]
[ 0.120232 0.91591144 0.99463677]
[ 0.79806316 0.16991436 0.15228257]
[ 0.13724308 0.14253527 0.02505 ]
[ 0.39287439 0.82519054 0.01613089]
[ 0.23150323 0.95167434 0.7715748 ]]
切片帧：
>>> with gsd.hoomd.open('test.gsd', 'rb') as t:
... for s in t[5:-2]:
... print(s.configuration.step, end=' ')
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文件层示例
with gsd.fl.open(name='file.gsd', mode='wb') as f:
f.write_chunk(name='position', data=numpy.array([[1,2,3],[4,5,6]], dtype=numpy.float32));
f.write_chunk(name='angle', data=numpy.array([0, 1], dtype=numpy.float32));
f.write_chunk(name='box', data=numpy.array([10, 10, 10], dtype=numpy.float32));
f.end_frame()
with gsd.fl.open(name='file.gsd', mode='rb') as f:
for i in range(1,f.nframes):
position = f.read_chunk(frame=i, name='position');
do_something(position);
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源分布
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内置发行版
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gsd-2.6.0-cp39-cp39-win_amd64.whl
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