用于处理 GFA1 和 GFA2 格式数据的库
项目描述
Gfapy
图形片段组装 (GFA) 是用于表示序列图的格式，包括组装图、变异图和拼接图。已经定义了两个版本的 GFA（GFA1 和 GFA2），并且一些序列分析程序已经采用这些格式作为交换格式，从而可以轻松组合不同的序列分析工具。
该库实现了https://github.com/GFA-spec/GFA-spec/blob/master/GFA-spec.md中描述的 GFA1 和 GFA2 规范。它允许从 GFA 格式的文件或从头开始创建 Gfa 对象，以枚举图形元素（段、链接、包含、路径和标题行），遍历图形（通过遍历所有传出或传入的链接段），搜索元素（例如，哪些链接连接两个段）和操作图（例如，消除链接或段或复制段，将读取计数均匀地分布在副本上）。
用户可以通过定义自己的自定义标签和记录类型轻松扩展 GFA 格式。在 Gfapy 中，很容易编写扩展模块，允许定义自定义记录类型和数据类型，用于自定义字段的解析和验证。自定义线可以使用引用相互连接，也可以连接到标准记录类型的线。
要求
Gfapy 是为 Python 3 编写的，并使用 Python 3.7 版本进行了测试。它不需要任何额外的 Python 包或其他软件。
安装
Gfapy 作为 Python 包分发，可以使用 Python 包管理器 pip 以及 conda（在 Bioconda 频道中）安装。它也可以在一些 Linux 发行版（Debian、Ubuntu）中作为一个包使用。
以下命令从 Python 包索引安装当前稳定版本：
pip install gfapy
如果您想从 Github 安装当前的开发版本，请使用以下命令：
pip install -e git+https://github.com/ggonnella/gfapy.git#egg=gfapy
或者，可以使用 conda 安装 gfapy。Gfapy 包含在 Bioconda ( https://bioconda.github.io/ ) 频道中：
conda install -c bioconda gfapy
用法
如果您如上所述安装了 gfapy，则可以使用传统的 Python 语法将其导入脚本中：
>>> import gfapy
文档
文档（包括 Gfapy 简介、用户手册和 API 文档）托管在 ReadTheDocs 服务器上，网址为http://gfapy.readthedocs.io/en/latest/，可以从网址下载 PDF 格式 https://github.com/ggonnella/gfapy/blob/master/manual/gfapy-manual.pdf。
参考
Giorgio Gonnella 和 Stefan Kurtz “GfaPy：用于在 Python 中处理序列图的灵活且可扩展的软件库”，生物信息学 (2017) btx398 https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btx398
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