dcm2niix 齿轮

一个飞轮齿轮，用于实施Chris Rorden 的 dcm2niix，用于将 DICOM（或 PAR/REC）转换为 NIfTI（或 NRRD），并可选实施Poldrack Lab 的 PyDeface，以从 NIfTI 中删除面部结构。

描述

Chris Rorden 的 dcm2niix是一种流行的工具，用于将图像从扫描仪制造商使用的复杂格式（DICOM、PAR/REC）转换为许多科学工具使用的 NIfTI 格式。或者，此工具还输出 NRRD 格式。dcm2niix 适用于所有模式（CT、MRI、PET、SPECT）和序列类型。

Poldrack Lab的PyDeface是一种流行的工具，用于从 NIfTI 中删除面部结构。

齿轮输入

必需的

• dcm2niix_input：Gear 的主要输入文件。这可以是 DICOM 存档 ('<dicom>.zip')、PAR/REC 存档 ('<parrec>.zip') 或单个 PAR 文件（'image.PAR' 或 'image.par'） .

可选的

• rec_file_input：如果 dcm2niix_input 是单个 PAR 文件，则一个 PAR/REC 文件对的对应 REC 文件（'image.REC' 或 'image.rec'）作为 Gear 的输入。
• pydeface_template：如果实现 PyDeface，可选的模板图像将用作注册目标而不是默认值。
• pydeface_facemask：如果实现 PyDeface，将使用可选的面罩图像而不是默认值。

配置设置

dcm2niix

• anonymize_bids：匿名投标。选项：真（默认）、假。必须启用bids_sidecar配置选项（即“y”或“o”选项）。

• bids_sidecar：以 JSON 格式输出 BIDS sidecar。选项是 'y'=yes、'n'=no（默认）、'o'=only（不会生成 NIfTI 文件）。- 注意：bids_sidecar 在运行 dcm2niix 时始终被调用以用作元数据。获取元数据后处理用户配置首选项。如果 JSON 文件不存在，则 NIfTI(s)（即使已生成）也可能不会被复制到最终输出中。

• 评论：如果非空，将评论存储为 NIfTI aux_file。选项：非空字符串，最多 24 个字符。- 注意：24 个字符的注释放在 (1) aux_file 变量中的所有 NIfTI 输出文件中。您可以使用 fslhdr 访问 NIfTI 标头数据并查看此注释；(2) 所有 JSON 文件（即 BIDS sidecars），这意味着评论被存储为所有相关输出文件的元数据，如果被调用，将包含在bids_sidecar文件中。

• compress_images : Gzip 压缩图像。选项：'y'=yes（默认），'i'=internal，'n'=no，'3'=no,3D。- 注意：如果选择选项“3”，文件名标志将设置为“-f %p_%s”以防止覆盖文件。- 提示：如果需要 .nrrd 输出，请选择“n”。

• compression_level：设置 gz 压缩级别。选项：1（最快）到 9（最小）、6（默认）。

• convert_only_series：按序列号选择性转换 - 最多可使用 16 次。选项：'all'（默认），以空格分隔的序列号列表（例如，2 12 20）。警告：专家选项。我们相信，如果您选择了此选项，您就会知道自己的要求。

• 裁剪：裁剪 3D T1 图像。选项：真、假（默认）。

• dcm2niix_verbose：是否包含来自 dcm2niix 调用的详细输出。选项：真、假（默认）。

• 文件名：输出文件名模板。选项：%a=天线（线圈）名称，%b=basename，%c=comments，%d=series description，%e=echo number，%f=folder name，%i=患者 ID，%j=seriesInstanceUID , %k=studyInstanceUID, %m=manufacturer, %n=患者姓名, %o=mediaObjectInstanceUID, %p=protocol, %r=instance number, %s=series number, %t=time, %u=acquisition number , %v=供应商, %x=研究 ID, %z=序列名称标签 (0018,0024), %q 序列名称标签 (0018,1020)。默认值：dcm2niix 工具%f_%p_%t_%s和 dcm2niix 齿轮%f。- 提示：通过简单地访问提取的文件名中的相关信息，一个更具信息性的文件名对于下游 BIDS 管理很有用。例如，包括回声数或协议。

• ignore_derived：忽略派生、定位器和 2D 图像。选项：真、假（默认）。

• ignore_errors：忽略 dcm2niix 错误和退出状态，并保留输出。选项：真、假（默认）。默认情况下，当 dcm2niix 退出非零时，不保留输出。警告：专家选项。我们相信，如果您选择了此选项，您就会知道自己的要求。

• lossless_scaling：无损缩放 16 位整数以使用动态范围。选项：'y'=scale，'n'=no，但 unit16->int16（默认），'o'=original。

• merge2d：合并来自同一系列的 2D 切片，无论学习时间、回波、线圈、方向等如何。选项：真、假（默认）。

• output_nrrd：导出为 NRRD 而不是 NIfTI。选项：真、假（默认）。- 提示：要导出 .nrrd，请将compress_images配置选项更改为“n”；否则，输出将分成两个文件（.raw.gz 和 .nhdr）。

• philips_scaling：飞利浦精确浮动（非显示）缩放。选项：真（默认）、假。

• single_file_mode：单文件模式，不转换文件夹中的其他图像。选项：真、假（默认）。

• text_notes_private：文本注释，包括私人患者详细信息。选项：真、假（默认）。

PyDeface

• pydeface：实现 PyDeface 以从 NIfTI 中删除面部结构。只有污损的 NIfTI 将包含在输出中。选项：真、假（默认）。
• pydeface_cost：如果实现 PyDeface，则为 FSL-Flirt 成本函数。选项：'mutualinfo'（默认）、'corratio'、'normcorr'、'normal'、'leastsq'、'labeldiff'、'bbr'。
• pydeface_nocleanup：如果实现 PyDeface，不要清理临时文件。选项：真、假（默认）。
• pydeface_verbose：如果实现 PyDeface，显示额外的状态打印。选项：真、假（默认）。

其他

• 线圈组合：对于具有单个线圈数据的序列，保存为单个卷，此选项将保存一个 NIfTI 文件，其中仅包含组合线圈数据（即最后一个卷）。选项：真、假（默认）。警告：专家选项。我们不努力检查独立的线圈数据；如果您选择了此选项，我们相信您知道自己的要求。
• decompress_dicoms : 转换前解压缩 DICOM 文件。这将使用 gdcmconv 执行解压缩，然后使用 dcm2niix 执行转换。选项：真、假（默认）。
• remove_incomplete_volumes：删除 4D 扫描的不完整尾随卷，在 dcm2niix 转换之前中止采集。选项：真、假（默认）。

工作流程

元数据

dcm2niix 工具提取 DICOM 标记并将其整理到 JSON 文件中（即 BIDS sidecar）。提取的内容取决于输入数据。如果存在，则通过 dcm2niix 工具提取以下 DICOM 标签，并将其作为元数据应用于 dcm2niix Gear 的输出文件：

AcquisitionMatrixPE AcquisitionNumber AcquisitionTime BaseResolution BodyPartExamined CoilString ConversionSoftware ConversionSoftwareVersion DeviceSerialNumber EchoTime EchoTrainLength EffectiveEchoSpacing EstimatedEffectiveEchoSpacing EstimatedTotalReadoutTime FlipAngle FrameTimesStart ImageComments ImageOrientationPatientDICOM ImageType ImagingFrequency InPlanePhaseEncodingDirectionDICOM InstitutionAddress InstitutionalDepartmentName InstitutionName InternalPulseSequenceName MagneticFieldStrength Manufacturer ManufacturersModelName Modality MRAcquisitionType ParallelReductionFactorInPlane ParallelReductionOutOfPlane PartialFourier PatientPosition PercentPhaseFOV PercentSampling PhaseEncodingAxis PhaseEncodingDirection PhaseEncodingPolarityGE PhaseEncodingSteps PhaseResolution PhilipsRescaleIntercept PhilipsRescaleSlope PhilipsRWVIntercept PhilipsRWVSlope PixelBandwidth ProcedureStepDescription ProtocolName PulseSequenceDetails ReceiveCoilName ReconMatrixPE RepetitionTime SAR ScanningSequence ScanOptions SequenceName SequenceVariant SeriesDescription SeriesNumber ShimSetting SliceThickness SliceTiming SoftwareVersions SpacingBetweenSlices StationName TotalReadoutTime TxRefAmp UsePhilipsFloatNotDisplayScaling WaterFatShift

如果 Gear 输入是 DICOM，则会捕获其他元数据。如果存在，则使用Pydicom提取以下 DICOM 标签，并将其作为元数据应用于 dcm2niix Gear 的输出文件：

AcquisitionDuration, tag(0018,9073) AcquisitionMatrix Columns InPlanePhaseEncodingDirection PercentPhaseFieldOfView PercentSampling PixelSpacing PrepulseDelay, tag(2001,101B) PrepulseType, tag(2001,101C) Rows ScanningTechnique, tag(2001,1020) ScanType, tag(2005,10A1) SliceOrientation (2001,100B) SpacingBetweenSlices NumberOfEchos, tag(2001,1014) NumberOfSlices, tag(2001,1018) NumberOfTemporalPositions

应用于 dcm2niix Gear 输出文件的所有元数据都是从原始 DICOM 标签中提取的。因此，测量单位与 DICOM 标准保持一致。要查找有关 DICOM 的更多信息，请查看NiBabel非常有用的 DICOM 简介。