funannotate 1.8.13

funannotate 是用于基因组注释的管道（专为真菌构建，但也适用于高等真核生物）。安装、使用和更多信息可以在http://funannotate.readthedocs.io找到

最快启动 Docker：

您可以使用 docker 来运行funannotate. 需要注意的是 GeneMark 不包含在 docker 映像中（请参阅下面的许可，您可以向开发人员投诉使其难以分发/使用）。我还编写了一个 bash 脚本，它可以运行 docker 映像并自动检测/包含正确的用户/卷绑定。这个 docker 镜像是基于 master 中的最新代码构建的，因此它将领先于标记版本。该图像还包括所需的数据库，如果您只想在没有数据库的情况下进行 funannotate，那么它也位于 docker hub 上nextgenusfs/funannotate-slim。所以这条路线可以通过以下方式实现：

# download/pull the image from docker hub
$ docker pull nextgenusfs/funannotate

# download bash wrapper script (optional)
$ wget -O funannotate-docker https://raw.githubusercontent.com/nextgenusfs/funannotate/master/funannotate-docker

# might need to make this executable on your system
$ chmod +x /path/to/funannotate-docker

# assuming it is in your PATH, now you can run this script as if it were the funannotate executable script
$ funannotate-docker test -t predict --cpus 12

快速启动 Bioconda 安装：

管道可以安装 conda （通过bioconda）：

#add appropriate channels
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

#then create environment
conda create -n funannotate "python>=3.6,<3.9" funannotate

如果conda要永远解决环境问题，我建议尝试一下mamba：

#install mamba into base environment
conda install -n base mamba

#then use mamba as drop in replacmeent
mamba create -n funannotate funannotate

如果您想使用 GeneMark-ES/ET，您需要按照开发人员说明手动安装：http: //topaz.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi

请注意，您需要将 GeneMark 中所有 perl 脚本的 shebang 行更改为使用/usr/bin/env perl. 然后，您还需要添加gmes_petap.pl到 $PATH 或将环境变量 $GENEMARK_PATH 设置为 gmes_petap 目录。

要仅安装 python funannotate 包，您可以使用 pip 执行此操作：

python -m pip install funannotate

要在 master 中安装最新的代码，您可以运行：

python -m pip install git+https://github.com/nextgenusfs/funannotate.git