在 Python 或 Jupyter Notebooks 中使用散景显示 NMR 数据的模块。
项目描述
什么是drawmr？
drawmr是一个用于在 Python 中查看 NMR 数据的模块。当与 nmrglue和bokeh包一起使用时，drawmr提供了查看 NMR 数据并与之交互的功能。
drawmr是nmrglue功能的包装器，并提供帮助函数以在散景中显示数据，这是一个交互式可视化库。
主要目的是在 Jupyter Notebook 中显示 NMR 数据。如果 Jupyter Notebook 安装未运行，散景允许将输出保存到静态 HTML 文件。
nmrglue用于处理 nmrdata，散景用于显示和交互。函数get_contour_widget() 创建 ipywidgets 以轻松控制轮廓级别。函数 get_peakpick()调用nmrglue peakpick.pick()来查找峰值，将数据点转换为 ppm 坐标，存储在pandas数据框中以便于检查并将峰值添加到散景图中。
重要链接
nmrglue链接：https ://www.nmrglue.com和https://github.com/jjhelmus/nmrglue
散景链接：https ://bokeh.pydata.org和https://github.com/bokeh/bokeh
查看示例
使用nbviewer.jupyter.org来：
查看默认 Notebook 15N/13C 2D 轮廓：nmrglue_s4_2d_plotting.ipynb
了解如何使用小部件来更改轮廓级别：contour_widget.ipynb
了解如何使用 nmrglue 峰值拾取、打印表格并显示：contour_find_peaks.ipynb
启动交互式 Jupyter Notebook mybinder.org以尝试示例：
如何安装？
如果使用 conda，这些步骤将安装环境
# With pip from https://pypi.python.org/pypi/drawnmr
pip install drawnmr本地 conda 环境的开发人员安装：
# Create environment
conda env create -f environment.yml
# Activate environment
conda env list
source activate drawnmr
# Enable ipywidgets
jupyter nbextension list
jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension --sys-prefix
# Start jupyter
jupyter notebook或者在根环境中手动安装：
# Manually install package
python setup.py install --force
# Manually uninstall
python setup.py install --record files.txt
PACK=`dirname $(head -n 1 files.txt)`
rm -rf $PACK
#cat files.txt | xargs rm -rf开发商
更新信息：https ://packaging.python.org/guides/migrating-to-pypi-org/#uploading
PyPI 测试账号：http ://testpypi.python.org/pypi?%3Aaction=register_form
PyPI 真实账户：http ://pypi.python.org/pypi?%3Aaction=register_form
# Modify version in: drawnmr/__init__.py
# Create tag
VERS=`python -c "from drawnmr import __version__; print(__version__)"`
# Adds a tag so that we can put this on PyPI
git tag $VERS -m ""
git push --tags origin master
# Upload your package to PyPI Test
python setup.py sdist upload -r pypitest
open https://testpypi.python.org/pypi/drawnmr
# Upload to PyPI Live
# Once you've successfully uploaded to PyPI Test, perform the same steps but point to the live PyPI server instead.
python setup.py sdist upload -r pypi
open https://pypi.python.org/pypi/drawnmr
