用于 PDF 模拟和结构细化的 GUI。
项目描述
PDFgui
用于对原子对分布函数进行结构细化的图形用户界面程序。
PDFgui 是 PDFfit2 优化引擎的友好界面,具有许多强大的扩展。要开始使用,请从帮助菜单中打开手册并按照教程说明进行操作。详细描述可在 doc/Farrow-jpcm-2007.pdf 论文中找到。
要求
PDFgui 需要 Python 2.7 和 PDFgui 及其组件使用的几个第三方库。
setuptools - 安装 Python 包的工具
wxpython - Python 的图形用户界面工具包
NumPy - 使用 Python 进行科学计算的库
matplotlib - Python 2D 绘图库
diffpy.pdffit2 - PDFgui 的计算引擎, https://github.com/diffpy/diffpy.pdffit2
diffpy.Structure - 原子结构的简单存储和操作,https://github.com/diffpy/diffpy.Structure
diffpy.utils - wx GUI 的共享帮助工具, https://github.com/diffpy/diffpy.utils
我们建议使用Anaconda Python ,它允许通过单个命令方便地安装 PDFgui 及其所有软件依赖项。对于其他 Python 发行版,需要单独安装所需的软件。例如,在 Ubuntu Linux 上,可以使用以下命令安装一些必需的软件
sudo apt-get install \ python-setuptools python-wxtools python-numpy \ python-matplotlib
要安装其余软件包,请参阅各自网页上的安装说明。
安装
首选方法是使用 Anaconda Python 并从 Anaconda 包的“diffpy”通道安装
conda config --add channels diffpy conda install diffpy.pdfgui
然后可以通过执行“pdfgui”程序从终端(Windows 上的“Anaconda Prompt”)启动 PDFgui。Windows 上的另一种方法是通过 DiffPy 开始菜单启动 PDFgui。
如果您不使用 Anaconda 或更喜欢从源代码安装,请确保所需的软件都已就位并运行
python setup.py install
默认情况下,文件安装到标准系统目录,这可能需要使用sudo来获得写入权限。如果管理员(root)访问权限不可用,请参阅 python setup.py install --help的输出,了解以普通用户身份安装到用户可写位置的选项。请注意,安装到非标准目录可能需要调整 PATH 和 PYTHONPATH 环境变量。可以通过切换到 HOME 目录并运行来验证安装完整性
python -m diffpy.pdfgui.tests.rundeps
使用 Anaconda PDFgui 可以稍后升级到最新发布的版本,使用
conda update diffpy.pdfgui
使用其他 Python 发行版,该程序可以升级到最新版本,如下所示
easy_install --upgrade diffpy.pdfgui
其他软件
PDFgui 可以使用外部结构查看器来显示分析的结构。我们已经用几个结构查看器进行了测试,例如
原子眼, http ://li.mit.edu/A/Graphics/A/
PyMol,http: //www.pymol.org
其他查看器应该也能正常工作,只要他们了解 PDFgui 支持的一种输出结构格式。
发展
PDFgui 是一个开源软件,位于 https://github.com/diffpy/diffpy.pdfgui的 git 存储库中。
随意分叉项目并做出贡献。要在直接使用源文件而不是复制到系统目录的开发模式下安装 PDFgui,请使用
python setup.py develop --user
联系方式
有关 PDFgui 的更多信息,请访问项目网页:
http://www.diffpy.org/products/pdfgui.html
或发送电子邮件至sb2896 @ columbia的 Simon Billinge 教授。教育
项目详情
diffpy.pdfgui -1.1.2.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 83aaaf428b01c32e7a15fdfa8a0123446a33f42d34f29f4bd5bbe77f7737162d |
|
| MD5 | d16d45ba056f52ac44f0fe28f158ec4c |
|
| 布莱克2-256 | b3cb526e0182d14dbabbb5252fe6623a02cd0e84cd48ec60f5869c212adc0134 |