用于 Python 的自动 DNA 组装计划器
项目描述
DASi DNA 设计
DASi是一个自动 DNA 克隆计划设计器，旨在通过专注于材料再利用，以小预算运作。
该软件将核苷酸序列或序列库转换为可执行的分子组装计划，同时优化材料成本、组装效率和组装时间。
DASi 的关键设计范例是使用 DASi不需要分子生物学专业知识。完全的新手应该能够使用该软件来设计和构建新的基因序列。这也使自动化软件程序能够自动设计和构建新的基因序列。
软件目标让人想起 j5 或 Teselegen，但侧重于：
- 实验室新手、专家或自动化软件程序都可以使用的极其简单的 API。
- 在其优化算法中利用有关当前实验室库存的信息来最小化成本和周转时间
地位
DASi 目前正在由 DARPA 协同发现和设计计划资助开发。DASi 目前被用于将自动生成的 DNA 设计连接到自动生物制造设施（例如华盛顿大学生物工厂）。
用法
DASi 完全自动化克隆设计工作，为克隆步骤找到近似最优的解决方案，优先使用现有的质粒、线性 DNA 片段和引物来设计半最优的克隆步骤和设计。
以下命令设计了设计库的克隆步骤。用户只需将他们希望构建的序列和当前可用的引物和 DNA 模板指定为.genbank或.fasta文件。DASi 处理所有设计方面。使用 DASi 不需要分子生物学专业知识。
dasi library_design --designs mydesigns/*.gb --fragments fragments/*.gb --primers primers.fasta --templates plasmids/*.gb --cost_model cost.b --out results
定制
DASi 优化参数是完全可定制的。以下是可自定义的 DASi 参数和方面的示例：
- 引物合成成本
- 引物设计参数
- 合成碎片成本
- 供应商特定的合成片段复杂性
- 序列依赖性质粒组装效率
- 优化效率与材料成本
- 等等
计划功能
- 金门支持
- 等级议会
- 库支持（使用贝叶斯搜索优化共享部分）
- 前端
- 与制造设施的连接
DASi 优化问题
简而言之，DASi 近似解决以下优化问题：
Given a set of 'goal' double-stranded sequences, a set of available single-stranded and double-strand sequences, and a set of actions that can create new sequences, find the optimal set of operations that produces the 'goal' sequences.
这个优化问题的形式化即将到来。
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源分布
内置分布
dasi-0.2.1- py3 -none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 15f8efd0f3589f3f32c32ad6c525cbd34efeeb6a4735c994601615b848a4d234 |
|
| MD5 | 89277402a508ca774119dafcc606c73b |
|
| 布莱克2-256 | 7fd3efbee4d37f2bfb48bd4e8972a6b13fc6be331af5c5749e03ab627b59c69b |