使用等位基因频谱的扩散近似拟合人口统计学和选择的人口遗传模型
项目描述
人口统计推断的扩散近似
dadi 基于对等位基因频谱的扩散近似，实现了从遗传数据中进行人口统计历史和选择推断的方法。dadi 的主要优势之一是速度：拟合两个群体模型通常需要大约 10 分钟，并且运行时间与数据集中 SNP 的数量无关。dadi 也很灵活，最多可以同时处理三个种群，具有任意的种群规模和迁移时间进程，以及混合和特定种群选择的可能性。
最初，dadi 最初是由 Ryan Gutenkunst 在康奈尔大学生物统计和计算生物学系的 Scott Williamson 和 Carlos Bustamante ( https://bustamantelab.stanford.edu/ ) 实验室开发的。Ryan 现在是亚利桑那大学分子和细胞生物学系的教授，他的团队继续致力于研究大地和其他主题 ( http://gutengroup.mcb.arizona.edu )。
如果您在研究中使用dadi，请引用RN Gutenkunst、RD Hernandez、SH Williamson、CD Bustamante“从多维SNP数据推断多个群体的联合人口历史”PLoS Genetics 5:e1000695 (2009)。
入门
请参阅手册 ( https://dadi.readthedocs.io ) 和源代码分发中的示例文件。完整的 API 文档可用 ( https://dadi.readthedocs.io/en/latest/api/dadi/ ) 并且位于 doc/api/dadi/index.html 下的源代码分发中。
另外，请注册我们的邮件列表，我们在其中通过∂a∂i 帮助社区。请在发布前搜索档案。许多问题反复出现。( http://groups.google.com/group/dadi-user )
安装dadi最简单的方法是通过conda conda install -c conda-forge dadi，.
笔记本示例
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Source Distribution
Built Distribution
dadi-2.2.0- cp39 -cp39-macosx_12_0_x86_64.whl 的哈希
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 099bf82c1d8298b41d6d9121eee66dec2137b29b78cb0a33a8b809774e00e208 |
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| MD5 | cb9903e38840aa790196f0dceb2038b0 |
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| 布莱克2-256 | 067b3e77ba75ebf371859811d1bb8d461542bb0ed2f65ff353dda524a93c211f |