crosstalk-correction 1.0.5

串扰校正

Donato 等人的 2013 年最大影响估计算法的Python 3 实现， 用于校正通路分析中的串扰效应。

此代码已在 Python 3.5 上进行了测试。

背景

串扰：多纳托等人。(2013) 使用术语串扰来指代由于存在重叠基因而导致的通路相互影响（在通路分析方法中，如富集分析、功能类评分和基于拓扑的方法）。

最大影响估计：他们开发了一种称为最大影响估计的校正方法，该方法考虑了路径之间的重叠。该方法推断出一个潜在的途径影响矩阵，其中每个基因使用期望最大化技术仅对一个途径有贡献。

PathCORE-T：串扰校正方法用于 PathCORE-T 软件，这是一种假设生成工具，可从转录组数据的无监督分析结果中识别同时发生的途径。由于对术语“串扰”的混淆，我们在 PathCORE-T 软件和论文中将此过程称为“基因重叠校正”。

安装

要安装当前的 PyPI 版本（推荐），请运行：

pip install crosstalk-correction

对于最新的 GitHub 版本，运行：

pip install git+https://github.com/kathyxchen/crosstalk-correction.git#egg=crosstalk-correction

例子

在PathCORE-T中使用了crosstalk_correction方法 （参见：feature_pathway_overrepresentation）

可以在此处查看在 PathCORE-T 分析的上下文中串扰校正所做的可视化。

有关详细信息，请参阅PathCORE-T 预印本。

包装内容

串扰校正.py

crosstalk_correction.py 包含串扰校正过程的实现。方法crosstalk_correction包装了最大影响估计算法（方法maximum_impact_estimation）并减少了运行/解释maximum_impact_estimation结果所需的预处理/后处理步骤的数量。

我们建议在大多数用例中直接使用crosstalk_correction方法。

对于本方法未涵盖的最大影响估计的应用，以下方法也已公开并可导入：

• 最大影响估计

• initialize_membership_matrix

• index_element_map

致谢

这项工作得到了宾夕法尼亚大学生物信息学研究所的支持