CoreTracker，一个密码子重新分配跟踪器
项目描述
关于
CoreTracker 通过连续应用不同的算法从一组基因组的蛋白质库中检测密码子重新分配的证据。这是一种过滤方法，从输入集中探索每个基因组中所有可能的重新分配，并只保留最有希望的一个。
此处提供有关软件包、安装和教程的详细信息 ==> http://udem-lbit.github.io/CoreTracker/
安装
首先安装包括gfortran、PyQt4 肌肉、mafft和hmmer的依赖项。PyQt4还需要Sip和 qt。使用特定于发行版的软件包安装这两个更容易。
您现在可以下载 github 项目并使用 python setup.py install或 pip ( pip install coretracker ) 进行安装。
我建议通过virtualenv设置虚拟环境。
或者，您也可以使用conda安装它，这是最简单的方法： conda install -c maclandrol coretracker。
Coretracker提供了安装帮助：安装
基本帮助
安装后，运行coretracker -h寻求帮助。
执行的一个例子是：
coretracker -t speciestree.nw -p protein.ali -n nucsequences.core --gapfilter 0.4 --iccontent 0.3 --idfilter 0.5 --norefine --wdir outdir --params param.yml
可以使用--params选项设置其他参数。请参阅提供的模板 ( param.yml )。
引文
如果您使用 coretracker，请引用：
Noutahi E, Calderon V, Blanchette M, Lang FB, El-Mabrouk N. CoreTracker: accurate codon reassignment prediction, applied to mitochondrial genomes. Bioinformatics. 2017 Jun 26;33(21):3331-9.
@article{noutahi2017coretracker,
title={CoreTracker: accurate codon reassignment prediction, applied to mitochondrial genomes},
author={Noutahi, Emmanuel and Calderon, Virginie and Blanchette, Mathieu and Lang, Franz B and El-Mabrouk, Nadia},
journal={Bioinformatics},
volume={33},
number={21},
pages={3331--3339},
year={2017},
publisher={Oxford University Press}
}
关
CoreTracker -1.5.3.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 224f3d9481f3afc05531124c75f7fbe714c08d61bf5a0504464d32580fc90846 |
|
| MD5 | 29337f57cf4dc87fc4f59771b0dc88f4 |
|
| 布莱克2-256 | 3955b04a608eb4d82db0d95a8e3edbee877b45f459d43d169eb3d7610cf20f7d |