基因组交互矩阵的稀疏二进制格式
项目描述
冷却器
存放 Hi-C 的好地方
Cooler 是一个支持稀疏、压缩、二进制持久存储格式的库，也称为cooler，用于存储基因组交互数据，例如Hi-C 接触矩阵。
更酷的文件格式是使用HDF5作为容器格式的基因组矩阵数据模型的实现。该cooler软件包包括一套命令行工具和一个Python API，以方便创建、查询和操作更酷的文件。
开始：
- 安装冷却器
- 阅读文档并查看 Jupyter Notebook演练。
- 来自已发布的 Hi-C 数据集的酷文件可在
ftp://cooler.csail.mit.edu/coolers. - 4DN 数据门户上提供了更多多分辨率 ( mcool ) 文件。
安装
使用 pip 从 PyPI 安装。
$ pip install cooler
如果您正在使用conda，您也可以cooler从bioconda频道安装。
$ conda install -c conda-forge -c bioconda cooler
要求：
- Python 2.7/3.4+
- libhdf5 和 Python 包
numpy,scipy,pandas,h5py. 我们强烈建议使用conda包管理器来安装这样的科学包。要获得它，您可以安装完整的Anaconda Python 发行版或仅安装独立的conda包管理器。
有关更多信息，请参阅文档。
注意：Python 2.7 支持将随着更酷的 0.8 停止。
贡献
有兴趣为冷却器做出贡献吗？那太棒了！要开始，请查看贡献指南。
引用
Abdennur, N. 和 Mirny, L. (2019)。Cooler：用于 Hi-C 数据和其他基因组标记阵列的可扩展存储。生物信息学。doi：10.1093/bioinformatics/btz540。
@article{Cooler2019,
author = {Abdennur, Nezar and Mirny, Leonid A},
title = "{Cooler: scalable storage for Hi-C data and other genomically labeled arrays}",
journal = {Bioinformatics},
year = {2019},
month = {07},
doi = {10.1093/bioinformatics/btz540},
url = {https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btz540},
}
执照
BSD（3 条款）
相关项目
- 用蒸馏器处理 Hi-C 数据！
- 使用cooltools进行下游分析！
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下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定要选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。
源分布
cooler-0.8.11.tar.gz
（11.1 MB
查看哈希）
内置分布
cooler-0.8.11-py2.py3-none-any.whl
（100.6 kB
查看哈希）
关
Cooler-0.8.11- py2.py3 -none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | a5de0254ea0cb4468090923cbc0aa5dae73f586be75a74acc52849f7d71c5ff1 |
|
| MD5 | 4b33ef70f29d3b82d953ea1cd13949fb |
|
| 布莱克2-256 | 5c92362c6530b32860055c75eeb5f2b87bcffcd44a04c43ee69cbe76a1228f46 |