访问 CHADO 数据库的工具
项目描述
查多工具
Python3 命令行脚本，提供用于访问 CHADO 数据库的各种工具。
内容
安装
安装 chado-tools 的方法有很多种，下面提供了详细信息。如果您在安装 chado-tools 时遇到问题，请联系您当地的系统管理员。如果您遇到错误，请在此处记录或发送电子邮件至path-help@sanger.ac.uk给我们。
必需的依赖项
- 蟒蛇 3.6
- PostgreSQL 9.6 或更高版本
从源头
从此 github 存储库下载最新版本，或克隆存储库以获取最新更新。然后安装软件：
python3 setup.py install
对于运行测试，请参阅下面的注释。
使用点子
您可以使用以下命令从Python 包索引 (PyPI)安装程序
pip install chado-tools
使用 Bioconda
该程序也可作为Bioconda 软件包使用。使用命令安装它
conda install -c bioconda chado-tools
使用 Docker 容器
该程序也可作为独立的 Docker 容器使用。可以使用以下命令从DockerHub下载最新版本
docker pull sangerpathogens/chado-tools
使用 Docker 运行容器时，使用标志--interactive --tty并使用标志映射所有必需的环境变量（见下文）--env。
用法
chado安装将在您的 PATH 中放置一个调用的脚本。用法是：
chado <command> [<subcommand>] [options]
- 要列出可用的命令和简要说明，只需运行
chado -h或chado --help。 - 要显示程序的版本，请键入
chado -v或chado --version。 - 使用
chado <command> -h或chado <command> --help获取该命令的详细描述和用法。
数据库连接
您可以使用环境变量为数据库主机、端口和用户设置默认值。为此，将以下行添加到您的.bashrc（替换示例值）：
export CHADO_HOST=localhost
export CHADO_PORT=5432
export CHADO_USER=chadouser
该软件会在您的系统上寻找这些环境变量。如果它们不存在，它将使用 默认连接设置，如果您真的需要，您可以手动编辑。
类似地，您可以使用环境变量指定默认密码CHADO_PASS。该标志-p强制要求用户输入密码，如果您不想在环境中存储默认密码，这很有用。
或者，您可以提供自己的 YAML 配置文件，其格式
与带有标志（包括密码）的默认文件相同。-c然后软件将忽略任何环境变量。
可用命令
| 命令 | 描述 |
|---|---|
| 连接 | 连接到 CHADO 数据库以进行交互式会话 |
| 询问 | 查询 CHADO 数据库并将结果导出到文本文件中 |
| 执行 | 执行在 CHADO 数据库中定义的函数 |
| 提炼 | 对 CHADO 数据库运行预编译查询 |
| 插入 | 将指定类型的新实体插入 CHADO 数据库 |
| 删除 | 从 CHADO 数据库中删除指定类型的实体 |
| 进口 | 将文件中的数据导入 CHADO 数据库 |
| 出口 | 从 CHADO 数据库导出数据到文件 |
| 行政 | 执行管理任务，例如创建或转储 CHADO 数据库 |
例子
创建一个eukaryotes根据当前 GMOD 模式调用的新 CHADO 数据库：
chado admin create eukaryotes
chado admin setup -s gmod eukaryotes
将此数据库转储到名为的存档中eukaryotes.dump：
chado admin dump eukaryotes eukaryotes.dump
列出eukaryotes数据库中的所有生物：
chado extract organisms eukaryotes
查询数据库查询某某的含义cvterm_id：
chado query -q "SELECT name FROM cvterm WHERE cvterm_id = 25" eukaryotes
导出包含生物体序列的 FASTA 文件Pfalciparum：
chado export fasta -a Pfalciparum -o Pfalciparum.fasta -t contigs eukaryotes
关于测试的注意事项
一些集成测试依赖于对 PostgreSQL 服务器的访问。为了成功运行这些测试，请修改默认连接设置，以便它们描述您可以连接的现有 PostgreSQL 数据库服务器。然后测试可以作为python3 setup.py test. 他们在该服务器上创建临时数据库并在完成后清理它们，因此这不应干扰您存储在该服务器上的任何数据库中的任何内容。但是，如果您对此感到担忧，请确保将该工具指向一个空的测试服务器。
执照
反馈/问题
请将任何问题报告到问题页面或发送电子邮件至 path-help@sanger.ac.uk。
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定要选择哪个，请了解有关安装包的更多信息。
源分布
内置分布
chado_tools -0.2.14-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | cd877249d6368221c939f197c38a2aafdd6912611d3fce6b66b5c461b13cd072 |
|
| MD5 | 520766351d31ff2d55b7042224586d3b |
|
| 布莱克2-256 | f713e46ea849b1b7c133826eea12133690cda2000cb157ce2adafac20b54a3e8 |