Cathub 0.1.7

＃＃ 介绍

CatHub 为 [Catalysis-Hub.org] ( http://www.catalysis-hub.org )上的表面反应数据库提供了一个接口。

该模块包括一个命令行界面，可用于访问和上传数据。下面给出了一个简短的指南。有关如何提交数据的详细信息，请参阅 [catalysis-hub 文档]( http://docs.catalysis-hub.org/en/latest/tutorials/upload.html )。

## 使用 cathub cli

从命令行运行cathub：

cathub –帮助

或使用它的任何子命令：

cathub 反应 – 帮助

＃＃ 例子

在 Python 中查询 Surface Reactions 数据库：

从 cathub.cathubsql 导入 CathubSQL

# 获取 catalysis-hub.org 上的数据 db = CathubSQL()

# 来自本地 cathub .db 文件的数据 db = CathubSQL('filename.db')

在 pandas 数据框中获取反应：

dataframe = db.get_dataframe(pub_id='PengRole2020',

include_atoms=False, include_atoms=True, # 在数据帧中包含原子 #include_atoms='PengRole2020.db', # 将原子保存到本地数据库 reactants=['COgas'], products=['COstar'], elements=['Cu' , 'Al'], #surface_composition='Cu', # match specific composition facet = '100' )

分别获取原子结构：

# 从数据帧中获取一个反应 ID 的原子 atom_list = db.get_atoms_for_reaction(reaction_id)

# 获取整个数据集的原子 atom_list = db.get_atoms_for_publication(pub_id='PengRole2020')

使用 ase db CLI 快速查看 Catalysis Hub 上的原子结构：

cathub ase 'CuAg pub_id=PengRole2020'

##上传数据

将常规文件夹组织成结构化文件夹：

cathub 组织 <文件夹名称> -a <ads1,ads2> -c <dft-code> -x <xc-functional> -f <facet> -S <晶体结构>

作为 cathub 组织的替代方法，您可以创建一个空的组织文件夹结构来自己删除文件。首先创建一个模板并对其进行编辑，然后创建文件夹。

cathub make_folders –create-template <模板> cathub make_folders <模板>

将文件夹读入本地 .db 文件：

cathub folder2db <文件夹名>

将数据发送到 Catalysis Hub 服务器：

cathub db2server <数据库文件>