贝叶斯 X 射线光谱分析
项目描述
关于贝叶斯 X 射线分析 (BXA)
BXA 将 X 射线光谱分析环境 Xspec/Sherpa 连接到嵌套采样算法 UltraNest 以进行贝叶斯参数估计和模型比较。
BXA 提供以下功能：
- 任意维度的参数估计，包括：
找到最合适的
计算误差线
计算边际概率分布
与 MPI 并行化
- 光谱模型与数据的绘图：
为了最合适
对于每个解决方案（后验样本）
对于每个组件
- 型号选择：
计算所考虑模型的证据，准备在贝叶斯因子中使用
不像似然比，不限于嵌套模型
- 模型发现：
使用分位数-分位数 (QQ) 图可视化模型和数据之间的偏差。QQ 图不需要分箱，比残差更全面。这将为您提供有关何时引入更复杂模型的想法，这些模型可能会再次通过模型选择进行测试
BXA特别闪耀
在系统地分析大型数据集时，或
比较多个模型时
使用现实模型分析低计数数据集时
因为其强大且无监督的拟合算法以自动方式探索甚至复杂的参数空间。用户不需要初始化到好的起点。该算法自动运行直到收敛，如果遇到复杂的参数空间，算法会放慢速度仔细采样。这允许构建自动分析管道。
谁在使用 BXA？
Antonis Georgakakis 博士、Angel Ruiz 博士（NOA，雅典）
Mike Anderson 博士（MPA，慕尼黑）
Franz Bauer 博士，Charlotte Simmonds（PUC，Jonathan Quirola Vásquez，圣地亚哥）
Stéphane Paltani 博士、Carlo Ferrigno 博士（ISDC，日内瓦）
刘朱博士（NAO，北京）
Georgios Vasilopoulos 博士（耶鲁大学，纽黑文）
Francesca Civano 博士、Aneta Siemiginowska 博士（CfA/SAO，剑桥）
刘腾博士、Adam Malyali、Riccardo Arcodia、Sophia Waddell、Torben Simm，……（MPE，Garching）
Sibasish Laha 博士、Alex Markowitz 博士（加州大学圣地亚哥分校，圣地亚哥）
Arash Bahramian 博士（珀斯科廷大学）
Peter Boorman 博士（南安普敦大学，南安普敦；亚利桑那州立大学，布拉格）
你呢？
文档
安装
BXA 本身可以使用 pip 或 conda 轻松安装：
$ pip install bxa
如果要安装在主目录中，请使用以下命令安装：
$ pip install bxa --user
以下命令不应产生任何错误消息：
$ python -c 'import ultranest' $ python -c 'import xspec' $ sherpa
您可能需要通过包管理器安装 python 和一些基本包。例如：
$ yum install ipython python-matplotlib scipy numpy matplotlib $ apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib ipython
BXA 需要以下 python 包：requests corner astropy h5py cython scipy tqdm。它们应该会自动下载。如果不是，请同时使用 pip/conda 安装它们。
源代码可从https://github.com/JohannesBuchner/BXA获得，因此您也可以下载并安装它：
$ git clone https://github.com/JohannesBuchner/BXA $ cd BXA $ python setup.py install
或者，如果您只想为当前用户安装它：
$ python setup.py install --user
支持的操作系统：BXA 在ciao/sherpa或 heasoft/xspec支持的所有操作系统上运行 。Travis CI为每个 BXA 版本系统地测试了该支持 ，但仅针对 Ubuntu Linux。
跑步
在Sherpa中，加载包：
jbuchner@ds42 ~ $ sherpa ----------------------------------------------------- Welcome to Sherpa: CXC's Modeling and Fitting Package ----------------------------------------------------- CIAO 4.4 Sherpa version 2 Tuesday, June 5, 2012 sherpa-1> import bxa.sherpa as bxa sherpa-2> bxa.BXASolver?
对于Xspec，启动 python 或 ipython：
jbuchner@ds42 ~ $ ipython In [1]: import xspec In [2]: import bxa.xspec as bxa In [3]: bxa.BXASolver?
现在您可以使用 BXA。有关如何执行分析的信息，请参阅文档页面。包括几个例子。
代码
查看代码库页面
正确引用 BXA
请参阅随附的论文 Buchner 等人。（2014 年）对方法及其统计基础进行了介绍和详细讨论。
我们建议对 Sherpa/Xspec、UltraNest 和该软件的开发人员表示赞赏。举个例子：
For analysing X-ray spectra, we use the analysis software BXA (\ref{Buchner2014}),
which connects the nested sampling algorithm UltraNest (\ref{ultranest})
with the fitting environment CIAO/Sherpa (\ref{Fruscione2006}).
BibTex 条目在哪里：
用于 BXA 以及对 X 射线光谱分析方法的贡献（模型比较、模型发现、实验设计、通过 QQ 图发现模型）：
布赫纳等人。(2014) A&A
该论文可在arXiv:1402.0004 获得
对于 UltraNest：请参阅https://johannesbuchner.github.io/UltraNest/issues.html#how-should-i-cite-ultranest
夏尔巴人：见夏尔巴人
对于 Xspec：见Xspec
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