bold_retriever 1.0.0

这样跑

• 克隆存储库：

  cd $USERAPPL
  git clone https://github.com/carlosp420/bold_retriever.git

• 安装依赖项（python2.7）：

  cd bold_retriever
  module load biopython-env
  pip install -r requirements.txt

• 运行软件

您必须选择 BOLD http://www.boldsystems.org/index.php/resources/api?type=idengine提供的数据库之一 并将其作为参数输入：

• COX1_物种

• COX1

• COX1_SPECIES_PUBLIC

• COX1_L640bp

例如：

python bold_retriever.py -f ZA2013-0565.fasta -db COX1_SPECIES

• 输出：

  seq_id  bold_id       similarity  division  class       order       family        species                collection_country
  OTU_99  FBNE064-11    1           animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius pini        Germany
  OTU_99  NEUFI079-11   1           animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius pini        Finland
  OTU_99  FBNE172-13    0.9937      animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius atrifrons   Germany
  OTU_99  FBNE162-13    0.9936      animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius contumax    Austria
  OTU_99  TTSOW138-09   0.9811      animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius ovalis      Canada
  OTU_99  CNPAH380-13   0.9811      animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius             Canada
  OTU_99  CNKOF1602-14  0.9811      animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius pinidumus   Canada
  OTU_99  NRAS173-11    0.9748      animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius conjunctus  Canada
  OTU_99  SSBAE2911-13  0.9748      animal    Collembola  None        None          Collembola             Canada
  OTU_99  CNPAQ117-13   0.9686      animal    Insecta     Neuroptera  Hemerobiidae  Hemerobius humulinus   Canada

速度

bold_retriever使用库 Twisted 来执行异步调用。这加快了总处理时间：

完整的文档

请参阅http://bold-retriever.readthedocs.org上的完整文档

历史

• v1.0.0：使用 Twisted 进行异步调用并提高速度。

• v0.2.4：重新组织输出文件中的列。查询家人的API

  分类群的名称。

• v0.2.2：杀死虫类搜索。

• v0.2.1：在为物种 ID抓取 web Public_BIN时杀死了错误。

• v0.2.0：为物种 ID 抓取 web Public_BIN。

• v0.1.9：添加了 request_id 测试和在调试模式下运行功能的选项。

• v0.1.8：修复了 BOLD 发送空分类单元名称列表时的异常错误。

• v0.1.7：修复了 BOLD 发送空分类单元名称列表时的异常错误。

• v0.1.6：将分类单元识别结果附加到我们得到的文件中。

• v0.1.5：Additionat 测试覆盖率 92%

• v0.1.4：修复了 taxon_search 函数中的错误

• v0.1.3：覆盖率 75%

• v0.1.2：Pep8 和测试覆盖率 69%

• v0.1.1：打包为 Python 模块。

• v0.1.0：您可以指定应将哪个 BOLD 数据集用于 FASTA 序列的 BLAST。

• v0.0.7：捕获 NULL、列表和文本的异常，而不是从粗体返回的 XML。

• v0.0.6：从 BOLD 捕获格式错误的 XML 异常。

• v0.0.5：当 BOLD 发送诸如{"481541":[]} 之类的有趣数据时捕获异常。