这是一个用于评估氨基酸序列并确定每个 α 螺旋或 β 折叠的两亲性指数的文库。
项目描述
两亲的
该文库可以分析氨基酸序列并给出二级结构列表，其中包含各自的疏水性平均值 [1] 和两亲性指数 [1]。
什么时候计算二级结构的测量值是有用的？
通过查看 alpha 螺旋的测量值，您可以测试一些与以下相关的髋关节运动：
- 球状可溶性蛋白质的上下文：
- 疏水核心，它不会是两亲和疏水的
- 核心和表层区域之间的界面，它将是两亲的
- 表层区域，不会有两亲性和亲水性
- 跨膜蛋白的相互作用：
- 在脂质相互作用上，它不会是两亲性和疏水性的
- 在多个跨膜螺旋相互作用（同聚或异聚）上，它将像离子通道一样形成两亲性建筑。
要求
如果你想在任何 GNU/Linux 或 OSX 系统上使用这个库，你只需要执行：
$ pip install amphipathic
如果你想与这个库合作，你应该下载github 存储库并执行：
$ make deploy
测试
要测试所有项目，您应该使用以下命令：
$ pytest tests
例子
该文库可以分析氨基酸序列，并给出具有各自疏水性平均值和两亲性指数的二级结构列表。
import amphipathic
resume = amphipathic.index('NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS')
print resume
或scale="prift"从 Cornette 等人指定 [1]
import amphipathic
resume = amphipathic.index('NLYIQWLKDGGPSSGRPPPS', scale="prift")
print resume
结果应该是：
[[
{'end': 2,
'begin': 0,
'type': u'c',
'seq': 'nl',
'amphipathic': {'index': 7.572935321054872e-05, 'mean': 2.6}},
{'end': 5,
'begin': 2,
'type': u'e',
'seq': 'yiq',
'amphipathic': {'index': 1.4312912272216411, 'mean': 1.7299999999999998}},
{'end': 18,
'begin': 5,
'type': u'c',
'seq': 'wlkdggpssgrpp',
'amphipathic': {'index': 0.002511560979331271, 'mean': -0.43}},
{'end': 20,
'begin': 18,
'type': u'e',
'seq': 'ps',
'amphipathic': {'index': 1.6242872515167746, 'mean': -1.34}}
]]
每个二级结构块都有特定的信息，例如：
type可以是“c”（来自线圈）、“e”（扩展/β 片）或“h”（α 螺旋）。mean通过从表 4 (STA PRIFT **) Cornette 等人 [1] 获得的疏水性标度，提供了使用嵌段的氨基酸获得的疏水性平均值。index提供了改编自 Cornette 等人 [1] 的两亲性指数，该指数首先在 Pablo Daniel Ghiringhelli 的博士论文 [2] 中实现。科内特等人[1] 表示标量等于或大于 2，表示两亲性。在 alpha 螺旋情况下，这仅对短于 20-25 个残基的片段有效。当 alpha 螺旋在经度上走得更远时，索引不再有效。
它还接受一个核苷酸序列来执行相同的分析：
import amphipathic
resume = amphipathic.index('cgcgtccttggagcaatgcagttcaagaccaagaatcgaattgaacctgt')
print resume
和输出：
[[
{'end': 12,
'begin': 0,
'type': u'c',
'seq': 'rvlgamqfktkn',
'amphipathic': {'index': 0.007560225956225585, 'mean': 0.7825000000000001}},
{'end': 15,
'begin': 12,
'type': u'e',
'seq': 'rie',
'amphipathic': {'index': 1.6297837670649824, 'mean': 1.4599999999999997}},
{'end': 16,
'begin': 15,
'type': u'c',
'seq': 'p',
'amphipathic': {'index': 0.0, 'mean': -2.23}}
]]
最后，它还接受多蛋白序列。使用氨基酸时，它会检测到“*”字符作为停止信号：
import amphipathic
resume = amphipathic.index('NLYIQWLKDG*GPSSGRPPPS')
print resume
用法
这个库被用于mistic2。
参考书目
[1] Cornette, JL, Cease, KB, Margalit, H., Spouge, JL, Berzofsky, JA, & DeLisi, C. (1987)。用于检测蛋白质中两亲结构的疏水性尺度和计算技术。分子生物学杂志，195（3），659–685。doi:10.1016/0022-2836(87)90189-6。
[2] Ghiringhelli D (2002)。病毒 Junín：Clonado 分子 y 分析结构 y 功能 del RNA S y sus productos génicos，Facultad de Ciencias Exactas，拉普拉塔国立大学。
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