ACPYPE

AnteChamber PYthon 解析器接口

一个基于Python的工具，用于使用Antechamber生成化合物的拓扑结构并与其他 Python 应用程序（如 CCPN 和 ARIA）进行交互。

acpype发音为ace + pipe

到目前为止要生成的拓扑文件：CNS/XPLOR、GROMACS、CHARMM 和 AMBER。

注意：生成的拓扑acpype/Antechamber基于通用琥珀力场 (GAFF)，只能与兼容的力场（如 AMBER 及其变体）一起使用。

已经为 GROMACS（请参阅ffamber）以及 XPLOR/CNS（请参阅xplor-nih）和CHARMM移植了几种版本的 AMBER FF 。

此代码是根据GNU 通用公共许可证 V3发布的。

有关更多信息，请参阅在线文档。

没有任何保证

它的灵感来自：

• amb2gmx.pl（Eric Sorin、David Mobley 和 John Chodera）并且依赖于Antechamber和OpenBabel

• YASARA Autosmiles (Elmar Krieger)

• topolbuild（布鲁斯·雷）

• xplo2d(GJ克莱维特)

对于非均匀 1-4 比例因子转换（例如，如果使用GLYCAM06），请引用：

BERNARDI, A.、FALLER, R.、REITH, D. 和 KIRSCHNER, KN ACPYPE 更新非均匀 1-4 比例因子：GLYCAM06 力场从 AMBER 到 GROMACS 的转换。SoftwareX 10（2019），100241。Doi：10.1016/j.softx.2019.100241

对于Antechamber，请引用：

1. WANG, J., WANG, W., KOLLMAN, PA 和 CASE, DA 自动原子类型和

 bond type perception in molecular mechanical calculations. Journal of Molecular
 Graphics and Modelling 25, 2 (2006), 247–260. Doi: [10.1016/j.jmgm.2005.12.005](https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2005.12.005)

2. WANG, J., WOLF, RM, CALDWELL, JW, KOLLMAN, PA 和 CASE, DA

 Development and testing of a General Amber Force Field. Journal of Computational
 Chemistry 25, 9 (2004), 1157–1174. Doi: [10.1002/jcc.20035](https://doi.org/10.1002/jcc.20035)

如果您使用此代码，我很高兴您引用：

SOUSA DA SILVA，AW & VRANKEN，WF ACPYPE - AnteChamber PYthon 解析器接口。BMC 研究笔记 5 (2012), 367 Doi: 10.1186/1756-0500-5-367

和（可选）

巴蒂斯塔，公关；威尔特，A。DURHAM, EHAB & PASCUTTI, PG 分子动力学模拟应用于 HIV-1 蛋白酶亚型的研究。细胞生物化学和生物物理学 44 (2006), 395-404。Doi: 10.1385/CBB:44:3:395

艾伦·席尔瓦，DSC

gmail dot com的alanwilter

如何使用 ACPYPE

介绍

我们现在在Bio2Byte有一个最新的网络服务（但它没有这个功能）。amb2gmx

如果您的输入文件是 PDB 格式，则要在本地运行acpype具有所有功能的 ANTECHAMBER，您需要AmberTools和 Open Babel包 中的ANTECHAMBER 。

但是，如果acpype只想模拟amb2gmx.pl，那么除了Python什么都不需要。

有几种获取方式acpype：

1. 通过康达：

   （它应该是健康的，功能齐全的，包括所有电池）

   conda install -c conda-forge acpype
   

2. 通过PyPI：

   （确保你有AmberTools，并且，可选但强烈推荐，OpenBabel）

   # You can use conda to get the needed 3rd parties for example
   conda create -n acpype --channel conda-forge ambertools openbabel
   
   # Or for Ubuntu 20:
   apt-get install -y openbabel python3-openbabel libarpack++2-dev libgfortran5
   
   pip install acpype
   
   # or if you feel daring
   
   pip install git+https://github.com/alanwilter/acpype.git
   

   注意：如果使用 OpenBabel python 模块，将它安装在Python与acpype.

3. 通过下载它git：

   （确保你有AmberTools，并且，可选但强烈推荐，OpenBabel）

   # You can use conda to get the needed 3rd parties for example
   conda create -n acpype --channel conda-forge ambertools openbabel
   
   # Or for Ubuntu 20:
   apt-get install -y openbabel python3-openbabel libarpack++2-dev libgfortran5
   
   git clone https://github.com/alanwilter/acpype.git
   

   注意：使用此模式，不会生成 CHARMM 拓扑文件。

4. 通过Docker：

   （它应该是健康的，功能齐全的，包括所有电池）

   如果您安装了 Docker，则可以acpype_docker.sh通过以下方式运行：

   注意：第一次可能需要一些时间，因为它会拉取acpypedocker 映像。

   在 Linux / macOS 上：

   ln -fsv "$PWD/acpype_docker.sh" /usr/local/bin/acpype_docker
   

   在 Windows 上：使用命令提示符：

   在acpype_docker.bat找到文件的目录中：

   setx /M path "%path%;%cd%"
   

   命令：

   acpype_docker -i CCCC
   
   acpype_docker -i tests/DDD.pdb -c gas
   

注意：

• 通过安装 viaconda或使用 viadocker你得到AmberTools v.21.11和OpenBabel v3.1.1. 我们AmberTools v.21.11是原始版本的剥离版本，仅包含必要的二进制文件和库，并附带charmmgen二进制文件AmberTools17以生成 CHARMM 拓扑。
• 通过安装，pip您可以获得AmberTools（如上所述）嵌入。但是，包含的二进制文件可能无法在您的系统中运行（库依赖问题），并且仅提供适用于 Linux (Ubuntu20) 和 macOS (Intel) 的二进制文件。

测试，如果通过git

在文件夹acpype/中，键入：

./run_acpype.py -i tests/FFF.pdb

它将创建一个名为FFF.acpype的文件夹，在其中可以找到 GROMACS 和 CNS/XPLOR 的拓扑文件。

或者使用SMILES符号中的分子：

./run_acpype.py -i CCCC # smiles for C4H6 1,3-Butadiene compound

它将创建一个名为smiles_molecule.acpype的文件夹。

要获得帮助和更多信息，请键入：

./run_acpype.py -h

安装

在文件夹acpype/中，键入：

  ln -fsv "$PWD/run_acpype.py" /usr/local/bin/acpype

然后重新登录或启动另一个 shell 会话。

如果通过conda或pip，acpype应该在你的$PATH.

使用 GMX 进行验证

GROMACS < v.5.0

cd FFF.acpype/
grompp -c FFF_GMX.gro -p FFF_GMX.top -f em.mdp -o em.tpr
mdrun -v -deffnm em
# And if you have VMD
vmd em.gro em.trr

GROMACS > v.5.0

cd FFF.acpype/
gmx grompp -c FFF_GMX.gro -p FFF_GMX.top -f em.mdp -o em.tpr
gmx mdrun -v -deffnm em
# And if you have VMD
vmd em.gro em.trr

对于 MD，做

GROMACS < v.5.0

grompp -c em.gro -p FFF_GMX.top -f md.mdp -o md.tpr
mdrun -v -deffnm md
vmd md.gro md.trr

GROMACS > v.5.0

gmx grompp -c em.gro -p FFF_GMX.top -f md.mdp -o md.tpr
gmx mdrun -v -deffnm md
vmd md.gro md.trr

模仿amb2gmx.pl

对于任何给定的 prmtop和inpcrd文件（来自 AMBER LEaP 的输出），请键入：

acpype -p FFF_AC.prmtop -x FFF_AC.inpcrd

输出文件将在文件夹FFF_GMX.amb2gmxFFF_GMX.gro中生成FFF_GMX.top

使用 CNS/XPLOR 进行验证

在文件夹FFF.acpype中，键入：

cns < FFF_CNS.inp

使用 NAMD 进行验证

• 见教程NAMD